《九陽真經(jīng)》在金庸小說中第一次出現(xiàn)是在《神雕俠侶》最后一回中，覺遠(yuǎn)大師憑借此書震驚當(dāng)時(shí)的絕世高手東邪黃藥師、西狂楊過、南僧一燈大師、北俠郭靖、老頑童周伯通等人，但經(jīng)書也被尹克西帶到了昆侖山中。

在《倚天屠龍記》，張無忌在昆侖山的白猿腹中得到經(jīng)書，并憑借此經(jīng)威震武林成為一代高手。

覺遠(yuǎn)大師圓寂之際，蒙眬囈語部分《九陽真經(jīng)》經(jīng)文，張三豐、郭襄、無色大師默記了一部分。

當(dāng)年傳得《九陽真經(jīng)》的三位，悟性各有不同，根柢也大有差異。

武功是無色大師最高；郭襄所學(xué)最博；張三豐當(dāng)時(shí)武功全無根基，正因如此所學(xué)反而最精純。

是以少林、峨嵋、武當(dāng)三派，一個(gè)得其「高」，一個(gè)得其「博」，一個(gè)得其「純」。三派武功各有所長，但也可說各有所短。

張三豐和郭襄后來成為武當(dāng)派和峨嵋派的創(chuàng)派祖師，「九陽神功」啟發(fā)武當(dāng)、峨嵋開宗立派的武功，及無色后少林派受益匪淺，主要根源在這一部分的『九陽神功」，又名《武當(dāng)九陽功》，《少林九陽功》和《峨嵋九陽功》。

張無忌先后練過《武當(dāng)九陽功》和《九陽真經(jīng)》，發(fā)現(xiàn)《武當(dāng)九陽功》只有不足十分一的經(jīng)文，不足十分一的內(nèi)容也足夠壯大少林派，成為武當(dāng)、峨嵋創(chuàng)派的奠基。

在最初的版本里面，九陰九陽都是達(dá)摩創(chuàng)的。在舊版《倚天屠龍記》 （原名《天劍龍刀》）里面有很明顯的論述：九陰真經(jīng)偏向外用，九陽神功偏向內(nèi)功。

但是這樣一來，中國最高深的兩門武功都來自外國人，這未免讓以中國功夫?yàn)闃s的國人們覺得面上無光，而且這樣的中國功夫不能算是真正的中國功夫。大概后來讀者們反饋了這個(gè)問題，或者是他的朋友的一些說法影響了他，金庸自己也覺察到了這個(gè)問題，他在《射雕》里面用了整整一章來寫九陰真經(jīng)的出處，把這部經(jīng)書的知識(shí)產(chǎn)權(quán)從達(dá)摩手里轉(zhuǎn)給了黃裳，達(dá)摩則是《易筋經(jīng)》和《洗髓經(jīng)》的作者，改倚天屠龍記的時(shí)候他也曾大費(fèi)力氣地寫“西域武功比起中國學(xué)問，畢竟中原的學(xué)問更為精深”。

金庸在最新修改版本中將作者寫成與王重陽斗酒的一位奇士，后王重陽將《九陰真經(jīng)》借與此人看，此人覺得九陰真經(jīng)陰氣太重，后躲進(jìn)少林創(chuàng)作九陽真經(jīng)，此功，可出氤氳紫氣，可隨意擴(kuò)散到體內(nèi)、體外，可刀槍不入，水火不侵，毒氣不生，物化不之，金剛不壞之軀也隨之而來。