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(生信篇)R語言學習第2天-R語言數(shù)據(jù)結構

 風雨都停了 2018-06-22

大家好,承接第1天的內(nèi)容,今天我們介紹R語言的數(shù)據(jù)結構。

作為開場白,我本該說:無論我們是用R作圖還是進行統(tǒng)計分析,首先是要輸入我們的數(shù)據(jù),由于R中不同(作圖)函數(shù)或參數(shù)只接受特定的數(shù)據(jù)結構,如果輸入的數(shù)據(jù)結構不對,R就會報錯,我們也就無法作圖或繼續(xù)后續(xù)分析,因此數(shù)據(jù)的準備是數(shù)據(jù)分析以及作圖的重要前提,同時,了解R的數(shù)據(jù)結構,也十分有助于我們了解R的工作方式。

而我想說的是:這一部分確實比較讓人頭疼,小爺我剛入門的時候,看了好幾遍都不知道它講的是什么鬼(不過我從小到大一直都覺得自己是只笨鳥),尤其那什么列表啊,因子啊,看后唯一的收獲是認識了它的中英文。現(xiàn)在回過頭來看,我覺著吧,對于這一部分,不用急著一下子掌握,過上兩遍,了解一下它們是怎么創(chuàng)建的怎么訪問其中的元素以及會用簡單的函數(shù)就很好了。在以后的腳本中,你會反復看到這些數(shù)據(jù)結構的身影,那時再反過來學習,想不掌握都不可能。狠心透露一個小爺我學語言的獨門秘籍:看腳本,模仿,做項目。

現(xiàn)在,讓我們正式開始“走馬觀花”吧

首先,了解下R中常見的數(shù)據(jù)類型,大學學過點計算機的應該很容易理解,包括數(shù)值型(numeric)、字符型(character)、邏輯型(logical

其次是“對象(object)”的概念,R采用面向對象的編程風格,其實不必糾結于對象是什么,但是要知道什么是對象,這很重要。在R中,一個數(shù)字,一個向量,一個函數(shù)的計算結果都是對象。所有的對象都有兩個內(nèi)在屬性:類型和長度,二者可以通過mode()length()得到。順便提一句,R是區(qū)分大小寫的,Xx表示的是不同的對象。

那么又一重要概念來了,R語言的6中數(shù)據(jù)結構:向量(vector)、矩陣(matrix)、數(shù)組(array)、數(shù)據(jù)框(data frame)、因子(factor)以及列表(list)。

向量

向量是用于存儲數(shù)值型、字符型、邏輯型數(shù)據(jù)的一維數(shù)組,常用函數(shù)c()可用來創(chuàng)建向量,

利用[*]下標取向量中的某個元素,第一個元素的下標為1(區(qū)別于perlpython等語言第一元素的下標或者說索引為0)。


其他創(chuàng)建方法如seq(可創(chuàng)建等差序列),rep。


對向量可進行多種函數(shù)操作,如sum(),min(),summary()以及“+ - */”等等。


注意,同一向量中不能混有不同類型的數(shù)據(jù)! 

矩陣

學過線性代數(shù)的各位,對這個概念應該比較熟悉,矩陣是一個二維數(shù)組,每個元素擁有相同的數(shù)據(jù)類型(數(shù)值型、字符型、邏輯型)。功能函數(shù)matrix()可以用于創(chuàng)建矩陣。


其他運算

ginv() :求逆

diag() 提出對角線

det()計算代數(shù)和

數(shù)組

與矩陣類似,但數(shù)組的維度可以大于2,相當于矩陣的延伸,不如矩陣的使用頻率高。數(shù)組可以通過array()函數(shù)來創(chuàng)建:


數(shù)據(jù)框

數(shù)據(jù)框很常用,不同于矩陣,同一數(shù)據(jù)框內(nèi)可包含不同類型的數(shù)據(jù)??赏ㄟ^data.frame將若干向量組成數(shù)據(jù)框,但向量必須有相同的長度或長度有倍數(shù)關系,如果其中有一個比其它的短,它將按循環(huán)法則循環(huán)整數(shù)次。


因子

名義型變量和有序型變量在R中稱為因子,可以使用factorgl創(chuàng)建因子。

如果對因子還是沒有概念,可以試著看這個例子,比如我們有5個腫瘤樣本(Case),5個正常樣本(Control)R語言中可以用下面方法標識這10個樣品屬性。

因子的種類稱為水平(level),上面的sample因子有兩個水平:CaseControl。假設expression為某個基因的表達量,通過tapply函數(shù)結合sample這個因子即可計算腫瘤和正常樣本中這個基因的平均表達量。

列表

列表允許整合若干(可能無關的)對象到單個對象名下,其對象可以是目前講到的任何結構(向量、矩陣、數(shù)據(jù)框等),功能函數(shù)list()可用于創(chuàng)建列表


 

 

That’s all. Thank you!



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