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一個(gè)可以預(yù)測、構(gòu)建癌癥miRNA調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)的在線工具 miRNACancerMAP miRNACancerMAP: an integrative web server inferring miRNA regulation network for cancer 今天在這里小編介紹一個(gè)可以全面便捷預(yù)測、構(gòu)建癌癥miRNA調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)在線工具：miRNACancerMap(http://cis./miRNACancerMAP)。 miRNACancerMap旨在揭示lncRNA-miRNA-mRNA三聯(lián)復(fù)雜性，從網(wǎng)絡(luò)角度預(yù)測miRNA的功能和臨床相關(guān)性，并且集成了大規(guī)模的數(shù)據(jù)的信息，以嚴(yán)格的系統(tǒng)生物學(xué)方法和最先進(jìn)的可視化工具構(gòu)建動(dòng)態(tài)的以RNA為中心的網(wǎng)絡(luò)。同時(shí)可以識(shí)別調(diào)控涉及癌癥階段轉(zhuǎn)變的大多數(shù)差異表達(dá)基因的中樞miRNA，泛癌共有的miRNA-TF對和通過多個(gè)數(shù)據(jù)集驗(yàn)證的lncRNA海綿，還可以識(shí)別與癌癥信號(hào)傳導(dǎo)途徑相關(guān)的miRNA以及來自泛癌癥的相關(guān)lncRNA海綿，而這些識(shí)別只需要點(diǎn)擊幾下鼠標(biāo)既可。 主要包含內(nèi)容： 1）識(shí)別癌癥中的活性miRNA靶標(biāo)調(diào)控; 2）確定lncRNA介導(dǎo)的海綿; 3）構(gòu)建功能分析注釋的miRNA中心調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 4）整合所有信息與交互界面中，以便進(jìn)一步查詢 5）該服務(wù)器能夠?qū)⒐矓?shù)據(jù)（TCGA和GEO）與用戶的miRNA-mRNA表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行綜合分析，確定關(guān)鍵因素并進(jìn)行最先進(jìn)的網(wǎng)絡(luò)將動(dòng)態(tài)基因網(wǎng)絡(luò)可視化。 功能1：查詢miRNA 點(diǎn)擊microRNA to Cancer圖標(biāo) 可以輸入miRNA名字，ID號(hào)，別名等進(jìn)行相關(guān)信息搜索 以has-mir-141為例，進(jìn)行搜索 可以得到兩個(gè)相關(guān)的miRNA，分別包含了mature name、miRbase accession和序列等基礎(chǔ)信息，并且可以連接到相關(guān)數(shù)據(jù)庫。并且可以點(diǎn)擊microRNA to Cancer 進(jìn)一步查看該miRNA的癌癥相關(guān)信息。 1. 該miRNA基礎(chǔ)信息。 2. 該miRNA在已發(fā)表的文獻(xiàn)中所屬癌癥類型，上調(diào)或下調(diào)，以及測定方法等信息。 3. 該miRNA存在于哪些已發(fā)表文獻(xiàn)的通路中，包含一個(gè)總體統(tǒng)計(jì)圖表，以及詳細(xì)的表格介紹 4. 該miRNA在已發(fā)表文獻(xiàn)中對預(yù)后的影響，同樣包含整體的統(tǒng)計(jì)圖表以及詳細(xì)信息介紹的表格 5. 該miRNA在已發(fā)表的文獻(xiàn)中與哪些基因相關(guān) 6. 該miRNA表達(dá)譜在正常和癌癥樣本中表達(dá)值的對比圖 7. 預(yù)測的靶點(diǎn)以及方法 8. 預(yù)測的靶點(diǎn)富集于哪些癌癥通路中 功能2：查找通路 點(diǎn)擊pathway to miRNA 點(diǎn)擊感興趣的相關(guān)通路名稱就可以查詢到相關(guān)的miRNA 例如cell cycle，頁面會(huì)給出相關(guān)信息： 1. 該通路相關(guān)信息，包含名稱、描述、連接等等 2. 該通路在已發(fā)表文獻(xiàn)中報(bào)道過哪些相關(guān)的miRNA和所涉及的癌癥 3. 該通路上miRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 功能3：對miRNA列表進(jìn)行功能分析和構(gòu)建泛癌miRNA-gene通路網(wǎng)絡(luò) 點(diǎn)擊miRNA to pan-cancer 可以輸入自己感興趣的一系列miRNA，并且選擇功能分析的方法（KEGG pathway，GO BP、MF、CC） 以hsa-miR-29 family為例 1. 分別給出其中的miRNA相關(guān)的基因，癌癥，互作依據(jù)的數(shù)據(jù)庫和相關(guān)性 2. 泛癌miRNA-gene通路網(wǎng)絡(luò) 并且點(diǎn)擊某個(gè)點(diǎn)就會(huì)單獨(dú)顯示出與該點(diǎn)連接的網(wǎng)絡(luò) 3.功能富集結(jié)果，以KEGG結(jié)果為例，所在通路，富集在通路中基因及P值 功能4：輸入感興趣的基因和miRNA構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 通過輸入的miRNA symbol和/或gene symbol來識(shí)別活躍的miRNA靶標(biāo)調(diào)控以及癌癥類型或亞型推斷，構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 點(diǎn)擊dataset to network 設(shè)置： 1. 選擇癌癥數(shù)據(jù)集 2. 輸入感興趣的基因和/或miRNA 可選：計(jì)算樣本類型之間miRNA和基因的差異表達(dá)（可自行設(shè)置篩選差異表達(dá)基因的條件還可以查看篩選結(jié)果） 輸入基因 輸入miRNA 3. 選擇構(gòu)建數(shù)據(jù)庫的方法 以TCGA-BLCA為例，篩選差異表達(dá)基因和miRNA（logFC為2，p值小于0.01），分別并將其基因集、miRNA集輸入，勾選所有mir2Disease，Taretscan，miRanda和STRING方法。得到結(jié)果：
列舉出在各個(gè)方法中找到的邊的數(shù)量，點(diǎn)擊最下方進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建（會(huì)展示一個(gè)動(dòng)態(tài)構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)的過程）
并且可以根據(jù)自己的需要在右側(cè)進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)圖的設(shè)置，同時(shí)可進(jìn)行圖片放大縮小，點(diǎn)擊圖片右上方可以進(jìn)行下載 功能5：上傳數(shù)據(jù)進(jìn)行分析 點(diǎn)擊user data to analysis
該功能與功能4相似，只將公共數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)用用戶上傳的數(shù)據(jù)進(jìn)行替換既可。 總之，miRNACancerMAP是一款用戶友好的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，允許用戶在網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浔碚骱徒换サ目蚣芟拢ㄟ^多種帶有廣泛注釋的miRNA算法，輕松分析用戶自己的miRNA數(shù)據(jù)，幫助用戶發(fā)現(xiàn)癌癥中激活的miRNA-mRNA調(diào)控，并尋找癌癥驅(qū)動(dòng)因子miRNA和腫瘤抑制因子miRNA，并構(gòu)建相關(guān)網(wǎng)絡(luò)。 歡迎關(guān)注生信人 TCGA | 小工具 | 數(shù)據(jù)庫 |組裝| 注釋 | 基因家族 | Pvalue 基因預(yù)測 |bestorf | sci | NAR | 在線工具 | 生存分析 | 熱圖 生信不死 | 初學(xué)者 | circRNA | 一箭畫心| 十二生肖 | circos 舞臺(tái)|基因組 | 黃金測序 | 套路 | 雜談組裝 | 進(jìn)化 | 測序簡史 |
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