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解析下面這篇文獻(xiàn)

 微笑如酒 2018-05-30

什么?老師您不信。且聽我解析下面這篇文獻(xiàn)。

這是一篇2018年剛發(fā)表在Nature Communications(IF=12.124)的文章,還是用我們經(jīng)典的ABCD四要素模式來(lái)分析。但是這次的A基因是個(gè)“老”基因,能發(fā)表高分文章的主要原因是,找到了“老”基因發(fā)揮功能的新機(jī)制。


我們先解讀一下題目:Snail promotes ovarian cancer progression by recruiting myeloid-derived suppressor cells via CXCR2 ligand upregulation.題目依然是A基因通過(guò)B信號(hào)通路在C疾病中發(fā)揮D功能的經(jīng)典模式。這樣的思路非常清晰明確,涵蓋了文章的所有要點(diǎn),建議各位老師的課題標(biāo)書與論文撰寫,也按照這樣的模式。


A基因、C疾病的由來(lái):

C疾病:本文章的研究腫瘤為卵巢癌。課題研究的選題方向,取決于醫(yī)生所在的領(lǐng)域。

A基因:眼睛尖的老師可能已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了,Snail基因,不就是大名鼎鼎的上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(epithelial-mesenchymal transition, EMT)過(guò)程中扮演關(guān)鍵角色的轉(zhuǎn)錄因子嗎。是的,正是這個(gè)Snail轉(zhuǎn)錄因子。該基因已被廣泛認(rèn)為不僅可誘導(dǎo)EMT進(jìn)程,與干細(xì)胞特性產(chǎn)生與維持、細(xì)胞生存與凋亡等生物學(xué)過(guò)程相關(guān)。


作者前期研究發(fā)現(xiàn),卵巢癌中間充質(zhì)亞型(mesenchymal subtype)病例的預(yù)后較其他亞型更差,而且腫瘤浸潤(rùn)的CD8+淋巴細(xì)胞(CD8+ TILs)數(shù)量更少。因此,作者想要揭示,在EMT進(jìn)展過(guò)程中,發(fā)揮關(guān)鍵角色的Snail轉(zhuǎn)錄因子,影響腫瘤細(xì)胞免疫逃避的具體機(jī)制。

首先,作者通過(guò)臨床病理樣本及TCGA數(shù)據(jù)庫(kù),確認(rèn)了Snail基因表達(dá)水平,與卵巢癌病例的EMT進(jìn)程,以及病例的預(yù)后有顯著相關(guān)性(Fig1)。

Fig1

隨后,作者通過(guò)RNAi-慢病毒技術(shù),將Snail在卵巢癌細(xì)胞中敲減表達(dá)后,檢測(cè)了細(xì)胞中的EMT marker: CDH1和Vimentin。并確認(rèn)Snail敲減可降低卵巢癌細(xì)胞的轉(zhuǎn)移能力。在免疫缺陷小鼠與免疫健全小鼠中,分別將敲減了Snail的細(xì)胞皮下接種至小鼠,結(jié)果發(fā)現(xiàn),Snail抑制腫瘤進(jìn)展的能力與腫瘤免疫相關(guān)(Fig2)。而敲減Snail后腫瘤中浸潤(rùn)的骨髓來(lái)源抑制性細(xì)胞(Myeloid-derived suppressor cells,MDSCs)增多(Fig3)。而MDSCs被認(rèn)為是負(fù)向調(diào)控免疫應(yīng)答的重要細(xì)胞群。

Fig2

Fig3

為了闡述Snail發(fā)揮免疫抑制功能的具體機(jī)制,作者干擾了Snail后,利用表達(dá)譜芯片尋找Snail下游的差異表達(dá)基因,并對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行功能與通路富集。通過(guò)表達(dá)譜芯片確定了下游的方向:CXCL1,CXCL2和CXCL5。通過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了Snail與CXCL1,CXCL2,CXCL5的分子表達(dá)相關(guān)性Fig4)。通過(guò)WB驗(yàn)證及NF-kB通路抑制劑,以及雙熒光報(bào)告實(shí)驗(yàn),證明Snail通過(guò)NF-kB通路,以直接結(jié)合至啟動(dòng)子區(qū)域的方式,促進(jìn)CXCL1和CXCL2的表達(dá)。

Fig4

Fig5


是不是看的急不可待了,想要把“老基因”再翻出來(lái)做一做?道法三千,為“老”基因找到有創(chuàng)新性的機(jī)制方向,才能發(fā)揮出科研的價(jià)值。而這也是“老”基因研究的難點(diǎn)。

根據(jù)吉?jiǎng)P基因的經(jīng)驗(yàn),從樣本出發(fā)到芯片、測(cè)序、質(zhì)譜等方法高通量篩選新功能基因的概率大約在10%左右,想要篩選驗(yàn)證得到一個(gè)新功能基因的難度非常大。吉?jiǎng)P基因歷經(jīng)3年,斥資上億,已完成近6000個(gè)腫瘤相關(guān)基因的功能學(xué)篩選,從中找到明確的腫瘤功能標(biāo)志基因若干,等待您來(lái)尋寶~~~

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