說(shuō)起GraphPad Prism，我們更熟悉它的數(shù)據(jù)作圖功能，仿佛為圖而生。不過(guò)呢，數(shù)據(jù)圖的靈魂是統(tǒng)計(jì)，圖中的注釋、附上的圖注等，都需要統(tǒng)計(jì)結(jié)果的支撐。這么好的軟件怎么可能沒(méi)有靈魂~只不過(guò)，它的靈魂包裝在美麗的皮囊之下，跟我們常用的其他統(tǒng)計(jì)軟件如SPSS還不太一樣。今天我們要透過(guò)它的皮囊，了解它精致的內(nèi)心~

不知誰(shuí)說(shuō)的，先謀而后事者昌，先事而后謀者亡。GraphPad Prism似乎特別強(qiáng)調(diào)先事而后謀，在你輸入數(shù)據(jù)之前，它會(huì)先問(wèn)你，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)怎樣的，由此決定你該用什么格式的數(shù)據(jù)表，做什么樣的分析。

SPSS和Excel是先輸入數(shù)據(jù)再?gòu)囊淮L(zhǎng)長(zhǎng)的菜單中挑選適用的統(tǒng)計(jì)方法。它們肯定不會(huì)鼓勵(lì)先事而后謀，只是默認(rèn)你自己應(yīng)該知道先謀，“這還要我提醒？”

Prism一開(kāi)門，就彈出一個(gè)窗讓你選擇數(shù)據(jù)輸入格式，每種圖形、每種統(tǒng)計(jì)方法都各有對(duì)應(yīng)的格式，其核心也就是區(qū)分不同的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。這個(gè)彈窗很重要，在之前GraphPad Prism作圖的單元課上，老談為我們作了仔細(xì)的講解，這里再稍稍回顧一下。

第1部分的列表給出了幾種數(shù)據(jù)格式的大類，可以說(shuō)是按圖區(qū)分，也可以說(shuō)是按實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)區(qū)分；第2部分則是對(duì)第1部分的解釋和圖示說(shuō)明；第3部分則可選擇大類下的細(xì)分類別，再不懂的話下方還有軟件提供的演示數(shù)據(jù)集，看看實(shí)物也就懂了。

下面再簡(jiǎn)單了解一下第1部分中的幾個(gè)類別。

XY：就是用一個(gè)XY坐標(biāo)系確定一個(gè)點(diǎn)的位置。最簡(jiǎn)單的是一個(gè)X坐標(biāo)、一個(gè)Y坐標(biāo)就確定了一個(gè)點(diǎn)。但實(shí)驗(yàn)嘛一般會(huì)有多幾個(gè)樣本，所以一個(gè)點(diǎn)的Y（或X）坐標(biāo)可以有幾個(gè)值（replicate values），這樣便可計(jì)算出平均值標(biāo)準(zhǔn)差等，畫出誤差線。

也可從別處計(jì)算好平均值標(biāo)準(zhǔn)差，在這里直接輸入計(jì)算好的值。但這不提倡，因?yàn)樵趲追N軟件之間倒來(lái)倒去很容易出錯(cuò)，盡量簡(jiǎn)單點(diǎn)。從下面的演示數(shù)據(jù)列表中可以看出，適用的方法有線性回歸、非線性回歸、劑量應(yīng)答曲線等。下面幾種都是這樣一一看下去。

Column：字面意思是柱狀圖，其實(shí)代表一大類設(shè)計(jì)類型，其分組的指標(biāo)就1個(gè)。比如治療組和對(duì)照組，它們只有干預(yù)方式不同。適用的分析方法有t檢驗(yàn)、單因素ANOVA等。

Grouped：示例圖也是一種柱狀圖，但跟Column對(duì)比一下就看出了差別，它的分組指標(biāo)有2個(gè)，所以也叫二維柱狀圖。比如一群患者分為治療組和對(duì)照組，再分開(kāi)性別觀察各組的應(yīng)答差異，所以這個(gè)實(shí)驗(yàn)的分組指標(biāo)就是干預(yù)方法和性別。適用多因素ANOVA、多重t檢驗(yàn)、熱圖等。

Contigency：看起來(lái)也像二維柱狀圖，但沒(méi)有誤差線，因?yàn)橐桓泳褪且粋€(gè)數(shù)字，沒(méi)有重復(fù)測(cè)量值。適用卡方檢驗(yàn)、Fishers檢驗(yàn)等。

Survival：這個(gè)比較單純，就是生存分析嘛，沒(méi)什么可解釋了。

Parts of whole：各部分占總體的比例。

下面就以Grouped這類數(shù)據(jù)為例，看看GraphPad prism的統(tǒng)計(jì)流程。

直接用軟件的演示數(shù)據(jù)吧。左邊選了Grouped之后，選一份適用于常規(guī)兩因素方差分析的數(shù)據(jù)集，打開(kāi)。

可以看到它的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)是這樣的：

兩個(gè)Group分別為兩個(gè)細(xì)胞系，野生型和GPP5細(xì)胞系。兩行分別為兩種處理方式，血清饑餓法和正常培養(yǎng)。所以它的分組指標(biāo)就是細(xì)胞系和處理方法兩種。每個(gè)單元格表示一個(gè)樣本。

發(fā)現(xiàn)野生型的血清饑餓組有一個(gè)值缺失了！二師兄你是不是手又抖了！好吧，幸好不是配對(duì)樣本，不要緊=_=

本來(lái)嘛，拿到這份數(shù)據(jù)就可以作圖了，點(diǎn)擊旁邊菜單中的Graphs，設(shè)置一些參數(shù)，再調(diào)整一下外觀啥的，這些我們應(yīng)該比較熟悉了。

可是啊，人家的圖都標(biāo)有好幾個(gè)“*”，表示哪組跟哪組之間有差異的呢。這個(gè)我怎么知道？我還要另裝一個(gè)SPSS計(jì)算好再過(guò)來(lái)畫圖嗎？

當(dāng)然不用哦~

先想想，我們的實(shí)驗(yàn)想要回答三個(gè)問(wèn)題：1) 各細(xì)胞系之間是否有差異；2) 各處理方式之間是否有差異；3) 各處理方式之間的差異在不同細(xì)胞系之間是否一致。

于是，點(diǎn)工具欄上的Analyze，彈出一個(gè)樹(shù)形結(jié)構(gòu)列表，包含Prism所有的統(tǒng)計(jì)分析方法，不過(guò)它會(huì)根據(jù)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)自動(dòng)打開(kāi)適用的二級(jí)列表，不適用的方法就折疊起來(lái)。是不是比SPSS那樣需要自己從一個(gè)個(gè)菜單中去尋找適用的統(tǒng)計(jì)方法要方便多了~

最上邊打開(kāi)的是各種數(shù)據(jù)變換，咱們暫時(shí)用不著。Grouped Analyses中則是適用的假設(shè)檢驗(yàn)，選Two-way ANOVA。點(diǎn)OK之后，就可以看到Prism更可愛(ài)之處啦~

在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)選項(xiàng)卡中，先選擇各數(shù)據(jù)是否配對(duì)。剛才說(shuō)了不是配對(duì)，就第一行。

你可以點(diǎn)下邊的幾行看看，下方圖示會(huì)配合著改變，輔助統(tǒng)計(jì)小白理解，比如第二行“每列是不同時(shí)間點(diǎn)”，圖示中黃綠色高亮的單元格就會(huì)變成A:Y2、B:Y2、C:Y2，表示這三個(gè)數(shù)值用從同一個(gè)樣本在不同時(shí)間點(diǎn)測(cè)量得到的。

下方的因子名稱也改變一下，如剛才所說(shuō)，兩個(gè)大列是兩種不同的細(xì)胞系，咱們改成Cell Lines，每行是不同的處理方式，改成Treatment。

再點(diǎn)旁邊的多重比較選項(xiàng)卡，它會(huì)問(wèn)你需要怎樣比較，橫著比、豎著比，還是各種比？同樣有萌萌的圖示輔助解釋。

根據(jù)剛才我們列的3個(gè)問(wèn)題，其實(shí)我們只需要橫著比 + 豎著比，但如果分別選擇的話還要出兩份結(jié)果，算了我選擇“各種比”，它除了橫比豎比之外附送的交叉比對(duì)我來(lái)說(shuō)沒(méi)什么意義，我不看就是了。

下方是每組各自比還是全都跟對(duì)照組（左上角）比，顯然我們的左上角并不是對(duì)照組，選各自比吧。

再來(lái)，右邊的Options選項(xiàng)卡，設(shè)置一些技術(shù)參數(shù)，這就需要一些統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)了。此處做多重比較，有可能增加族錯(cuò)誤率，需要選擇校正方法，詳情可以參考我們之前的推文講解《P<0.05就夠了？還要校正！校正！3個(gè)方法獻(xiàn)上》

現(xiàn)在我們選Bonferroni校正法、匯報(bào)校正后的P值、族顯著性水平設(shè)為0.05。

下邊的就自由選擇啦，要不要計(jì)算置信區(qū)間、要不要敘述結(jié)果、P值顯著性標(biāo)記幾級(jí)，等等。這里默認(rèn)4級(jí)，即P<0.05為“*”，<0.01為“**”，<0.005為“***”，<0.001為“****”。

點(diǎn)OK之后，可看到左邊文件列表中的Results文件夾下有四個(gè)新表，都是剛才統(tǒng)計(jì)分析的結(jié)果。

第一個(gè)是總表，為ANOVA分析的結(jié)果，它只能告訴我們各組間是否有差異，而不能告訴我們具體是哪組跟哪組有差異。

第二個(gè)表多重比較，就是告訴我們具體各組間比較的情況的。我就不貼整個(gè)表了，就截下我們比較關(guān)心的那部分看一看。

血清饑餓 – 野生型 VS 血清饑餓 – GPP5：****；血清饑餓 – 野生型 VS 正常培養(yǎng) – 野生型：***；等等等等我就不念經(jīng)了。

是的，這個(gè)在SPSS中是列成一個(gè)大交叉表讓你自己去橫向縱向?qū)ζ饋?lái)的，組多的時(shí)候簡(jiǎn)直要看瞎。

好了，我們可以根據(jù)這個(gè)結(jié)果列表，用上方的畫線和文字工具把滿天繁星（**）加到圖上。

變成這樣，可以很清楚地展示：血清饑餓法的兩個(gè)細(xì)胞系間有差異，而常規(guī)培養(yǎng)則沒(méi)有；野生型的兩種處理方法之間有差異，GPP5細(xì)胞的兩種處理之間也有差異。所以……唉結(jié)論自己下吧。

隨便改改外觀：

齊活了。

這次講的只是GraphPad Prism里一部分統(tǒng)計(jì)的功能，但作為統(tǒng)計(jì)軟件里最有顏值的、作圖軟件中最有內(nèi)涵的，GraphPad Prism從數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)到figure都可以一條龍服務(wù)。關(guān)鍵它還簡(jiǎn)單易學(xué)，和Excel一樣傻瓜，但比Excel規(guī)范得多。

在解螺旋科研單元課3中，老談教你從零基礎(chǔ)有重點(diǎn)地學(xué)習(xí)GraphPad Prism，讓你在短時(shí)間內(nèi)就能掌握多種數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)圖的制作，學(xué)完之后還有Graphpad Prism7軟件贈(zèng)送哦。

掃下方二維碼進(jìn)解螺旋服務(wù)號(hào)

服務(wù)號(hào)回復(fù)：

單元課03，獲取《GraphPad Prism 7 作圖教程》。

進(jìn)入解螺旋官網(wǎng)（http://www./），找到科研技能單元課，即可學(xué)習(xí)。