建武十八年，遷豫州治于譙縣。

二十年六月乙未，譙縣改屬沛國(guó)。

建安十八年（213年)為譙郡治。

黃初三年（222年)，詔以譙城為陪都，與長(zhǎng)安、許昌、洛陽(yáng)、鄴并稱“五都”。

晉永昌元年（322年)十月，后趙石勒陷譙城，豫州改治壽春（今壽縣城關(guān)鎮(zhèn)），

義熙十三年（417年)為北譙郡治。

東魏時(shí)，廢入小黃縣（也在今亳州市區(qū)）。

隋大業(yè)三年（607年)四月，改小黃縣為譙縣，為譙郡治。

唐武德四年（612年)，為亳州治。天寶元年（742年)二月，改亳州為譙郡，

至德二載（757年)十二月，改譙郡復(fù)為亳州，譙縣均為治所。

金貞元三年（1215年)，升亳州為集慶軍，譙縣為軍治。

南宋端平元年（1234年)，蒙古改集慶軍為亳州。

元至正十五年（1355年)二月至十八年五月，譙縣為紅巾軍所創(chuàng)大宋龍鳳政權(quán)的首都。

明洪武元年（1368年)，撤銷譙縣入亳州。

明朝初年亳州一度為縣，屬潁州。弘治九年（1496），又升縣為州。

清初亳州屬安徽布政使司直轄。1864年清廷鎮(zhèn)壓捻軍后，析亳州、宿州、蒙城、阜陽(yáng)、各一部設(shè)渦陽(yáng)縣。

1912年，國(guó)民政府降亳州為亳縣，由省直轄。

1964年，國(guó)務(wù)院決定從阜陽(yáng)、渦陽(yáng)、蒙城、鳳臺(tái)各劃出一部成立利辛縣。

1986年國(guó)務(wù)院決定撤銷亳縣建制，設(shè)立亳州市（縣級(jí)）。

1998年收歸省直轄（副地級(jí)）。

2000年正式設(shè)立地級(jí)亳州市，下轄渦陽(yáng)、蒙城、利辛三縣和譙城區(qū)。