基因測(cè)序證據(jù)還表明現(xiàn)代人類直系祖先（非洲智人）與尼安德特人曾進(jìn)行過雜交，除非洲以外的所有人類的DNA有1.5%-2.1%的本源是尼安德特人。同樣，科學(xué)家也發(fā)現(xiàn)了讓他們震撼的事實(shí)，那就是亞洲大陸、美洲印第安人的DNA有0.2%的本源來自丹尼索瓦人。

靠這0.2%的DNA能否證明人類曾與丹尼索瓦人交配呢？研究人員在美拉尼西亞人身上也發(fā)現(xiàn)了丹尼索瓦人的痕跡。美拉尼西亞島群位于澳大利亞北部和東部，其中包括新幾內(nèi)亞島。科學(xué)家進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)生活在大洋洲的巴布亞新幾內(nèi)亞和澳大利亞土著，約有4%的DNA來自于丹尼索瓦人。這說明丹尼索瓦人曾與美拉尼西亞人的祖先通婚。

人類進(jìn)化史上最迷人的奧秘之一，莫過于在歐洲繁衍數(shù)萬年的尼安德特人的命運(yùn)了。尼安德特人是人類進(jìn)化史上一個(gè)極其重要的階段，他們已經(jīng)極為接近現(xiàn)代人，廣泛分布在歐亞的大部分地區(qū)。然而最終卻未能進(jìn)化成現(xiàn)代人，而是突然消失，成為人類學(xué)至今還在破解的謎團(tuán)。尼安德特人是現(xiàn)代歐洲人祖先的近親，從12萬年前開始，他們統(tǒng)治著整個(gè)歐洲、亞洲西部以及非洲北部。但是，4萬年以前，現(xiàn)代人類（非洲智人）從發(fā)源地東非開始遷徙，橫掃了歐洲大陸?？脊艑W(xué)家發(fā)現(xiàn)，在現(xiàn)代人類占據(jù)了歐洲以后，尼安德特人開始全面撤退，進(jìn)入南歐的“避難所”，例如西班牙和葡萄牙，然后在那里走向滅絕。

尼安德特人有的住在洞穴，有的扎營而居，大多居住在靠近動(dòng)物遷徙的 路線附近，以保證充足的肉食供應(yīng)。此外他們還捕鳥、捕魚。他們已懂得如何取火、制作獸衣，而且他們已有了審美觀。他們知道照顧病人和弱者，知道埋葬死人。因此，他們可能有某種形式的宗教信仰。

2010年，尼安德特人基因組草圖發(fā)布，也基于尼安德特人基因組草圖，研究結(jié)發(fā)現(xiàn)，除非洲人之外的歐亞大陸現(xiàn)代人均有1%～4%的尼安德特人基因成分貢獻(xiàn)。2015年，在《自然》雜志上發(fā)表的文章稱：古DNA研究揭示，一名歐洲早期現(xiàn)代人的曾曾曾祖與尼安德特人“混血”。這個(gè)約4萬年前的歐洲現(xiàn)代人基因中含有6%～9%左右的尼安德特人基因”，這大大超出了人們?cè)械恼J(rèn)識(shí)。

2017年，3月3日美國《科學(xué)》雜志3日發(fā)表題為《中國許昌出土晚更新世古人類頭骨研究》論文稱，人類演化研究取得突破性進(jìn)展：10多萬年前生活在河南省許昌市靈井遺址的“許昌人”，可能是中國境內(nèi)古老人類和歐洲尼安德特人的后代。

在2010年時(shí)在南西伯利亞阿爾泰山中的丹尼索瓦洞穴中挖掘出的某根指骨中的碎塊和2顆磨牙。隨后科學(xué)家破譯出丹尼索瓦人基因組的完整序列，從而為這些古老的人類——他們與年的特人密切相關(guān)——與現(xiàn)代人之間的關(guān)系提供了線索。

丹尼索瓦人曾四處游蕩，不僅曾與尼安德特人和生活在亞洲地區(qū)的現(xiàn)代人類祖先雜交，基因組數(shù)據(jù)表明，他們還曾與另一種在3萬多年前生活在亞洲地區(qū)的神秘人種發(fā)生過雜交。

研究人員將該丹尼索瓦人基因組與全世界各地的幾種現(xiàn)代人的基因組進(jìn)行了比較。例如，丹尼索瓦人與巴布亞新幾內(nèi)亞人有著比任何其他研究過的現(xiàn)有人群更多的相同基因。此外，在亞洲和南美洲所發(fā)現(xiàn)的丹尼索瓦人的等位基因要多于在歐洲人群中發(fā)現(xiàn)的等位基因，但這可能反映了現(xiàn)代人與丹尼索瓦人之間的雜處繁殖。丹尼索瓦人不僅存在了和現(xiàn)代人類擁有的黝黑皮膚、棕色頭發(fā)和棕色眼睛有關(guān)的基因，牛津大學(xué)與普利茅斯大學(xué)研究人員還發(fā)現(xiàn)，和尼安德特人一樣，丹尼索瓦人體內(nèi)的病毒也遺傳給了現(xiàn)代人類D。這些古代病毒是內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒（ERVs），屬于HML2病毒一系。

綜合考古化石證據(jù)，我們可以明白丹尼索瓦人的演化史：30萬年前，丹尼索瓦人與原始尼安德特相分化，28萬年前，他們到達(dá)東亞——遼寧金牛山地區(qū)。經(jīng)過8萬年的生存斗爭(zhēng)，他們淘汰了本土的北京直立人，成為了東北亞地區(qū)唯一的人類居民。之后他們?cè)谥腥A大地上反復(fù)遷徙，最終在2-3萬年前非洲智人到達(dá)東亞后，他們最終消失在西伯利亞平原。

2013年，科學(xué)家通過分析一塊在西班牙發(fā)掘出來的40萬年前人類祖先的大腿骨，發(fā)現(xiàn)這個(gè)人類祖先的線粒體DNA與丹尼索瓦人的DNA關(guān)系更密切，而這個(gè)人類骨骼化石就是海德堡人。這說明丹尼索瓦人與尼安德特人和現(xiàn)代人類擁有共同的祖先。

到55萬至76.5萬年前，人類開始與這個(gè)人種（尼安德特人和丹尼索瓦人共同祖先）相分離。直到大約38.1萬年至47.3萬年前，尼安德特人和丹尼索瓦人才開始分離。科學(xué)家還發(fā)現(xiàn)，尼安德特人、丹尼索瓦人和現(xiàn)代人，在不同時(shí)期都曾經(jīng)居住過丹尼索瓦洞。這說明，這三個(gè)人種很有可能有過密切接觸。也就是說，這兩三個(gè)人類祖先曾發(fā)生過異血緣交配，科學(xué)家發(fā)現(xiàn)丹尼索瓦人有0.5%的基因來自于尼安德特人，盡管，在尼安德特人身上目前尚未檢測(cè)到任何丹尼索瓦人的基因。

可以得知，三萬年前，非洲智人替代了歐亞原始人的位置，一萬年前，現(xiàn)代人類已經(jīng)到達(dá)澳洲、美洲大陸，當(dāng)中經(jīng)過千多英里驚險(xiǎn)的船上旅程。人類的祖先最早開始沿著尼羅河一路向北到達(dá)埃及地區(qū)，一部分選擇留下繁衍生息，一部分則通過西奈半島繼續(xù)北上至中東地區(qū)和歐洲東南部。后來又從中東地區(qū)東進(jìn)至中亞，然后順著黃河流域持續(xù)向東遷徙至黃河中下游………