【原】從黑暗走向光明：Python包安裝進(jìn)階之路

健明 2021-07-14

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想當(dāng)初剛學(xué)習(xí)Python的時候，就會用書本里面自帶的一些package，用sys，os也用得很開心。后來接觸到biopython項(xiàng)目，發(fā)現(xiàn)原來Python有這么不同功能的包，簡直琳瑯滿目。不過這也是我痛苦的開始，在服務(wù)器上裝個包怎么那么費(fèi)勁呢，缺這少那的。

為了一個包的安裝，我得花多少時間啊，還能不能讓人好好做科研了。

黑暗時代

最開始的時候是從源碼開始安裝，一般 python setup.py install就執(zhí)行安裝過程了，不過可怕的這些包之間的依賴關(guān)系。而且安裝的時候，要選擇安裝目錄。對于剛開始學(xué)習(xí)的我，都要搞暈了。后來還看到一個叫 easy_install,可以自動解析package之間的依賴關(guān)系，生產(chǎn)效率感覺提上去了。不過經(jīng)常出錯，雖然比手動安裝好多了，使用起來還是挺費(fèi)勁的。

迎來曙光

不知道當(dāng)時從哪里看到說用 pip會更好，看來沒事上上網(wǎng)還是挺有好處的。而且比 easy_install什么的不知道高到哪里去了，具體差異可以看：

pip vs easyinstall

https://packaging./pipeasy_install/

why use pip over easy_install

https:///questions/3220404/why-use-pip-over-easy-install

上面的鏈接都說得很詳細(xì)了。對于一般的需求， pip install --user <package>就已經(jīng)很受用了。如果再使用上豆瓣上的PyPi源，那使用體驗(yàn)簡直不能太好。

# Linux/Mac用戶修改
# $HOME/.config/pip/pip.conf
[global]
timeout = 60
index-url = https://pypi./simple
## 注意：如果使用http鏈接，需要指定trusted-host參數(shù)
[global]
timeout = 60
index-url = http://pypi.douban.com/simple
trusted-host = pypi.douban.com

常用的pip用法一般有：

# 在用戶目錄安裝軟件，不需要root 權(quán)限
pip install --user <package>
# 搜索package
pip search biopython
# 安裝特定版本的package，版本號可以從search的結(jié)果中找到
pip install biopython=1.69
# 卸載package
pip uninstall biopython
# 導(dǎo)出已安裝的包信息
pip freeze > requirements.txt
# 其他使用方法可以參考pip的幫助說明
pip -h

發(fā)現(xiàn)virtualenv

如果你只是測試，或者電腦上同一個package安裝了好幾個版本，那么你一定會喜歡 virtualenv。有了它，現(xiàn)在可以在電腦上安裝不同版本的package了。使用方法也很簡單，因?yàn)?nbsp;virtualenv也是Python包，可以直接用 pip來進(jìn)行安裝?，F(xiàn)在可以用它在電腦上創(chuàng)建不同的虛擬環(huán)境了，各個虛擬環(huán)境互不干擾，而且對原有的環(huán)境不會造成影響，哪天不想玩了，直接把對應(yīng)的目錄刪掉就可以了，非常方便。

# 安裝virtualenv
pip install --user virtualenv
# 創(chuàng)建一個新的環(huán)境
mkdir my_envs
cd my_envs
# 創(chuàng)建一個env_test目錄，把相關(guān)的package安裝到該目錄下
virtualenv env_test
# 如果系統(tǒng)上有多個python版本，可以通過參數(shù)來指定對應(yīng)的python版本
virtualenv -p /usr/bin/python2.7 env2.7
# 激活虛擬環(huán)境，需要提供具體的虛擬環(huán)境安裝目錄
source env2.7/bin/activate
# 激活后就可以在終端中看到有對應(yīng)提示，如果想關(guān)閉也很簡單
deactivate

上面的都一些基本的用法，如果創(chuàng)建的虛擬環(huán)境比較多，可以借助 virtualenvwrapper來進(jìn)行管理，更多的信息可以參考Python虛擬環(huán)境：http://pythonguidecn./zh/latest/dev/virtualenvs.html。

大殺器anaconda

當(dāng)時在學(xué)習(xí)virtualenv的時候，也發(fā)現(xiàn)anaconda這個東西，不過當(dāng)時覺得軟件太多，而且比較臃腫，對我這種沒裝幾個軟件的來說，virtualenv已經(jīng)夠用了。直到有一天我需要安裝tensorflow的時候，才發(fā)現(xiàn)這東西有多方便。不僅幫你解決依賴關(guān)系，而且還會幫你把相關(guān)的系統(tǒng)依賴也解決了。相信大家在安裝軟件的時候，沒少遇到missing 什么 libxxxx.so什么的信息。有的時候?yàn)榱税惭b這些系統(tǒng)依賴，真的能把人搞瘋。anaconda不僅能解決這些問題，還可以安裝R里面package啊，雖然我沒用過這個功能?，F(xiàn)在除了anaconda，還有精簡的miniconda和專門為生物信息準(zhǔn)備的bioconda，雖然名字不一樣，只是默認(rèn)安裝時帶的package不一樣而已，使用方法沒什么區(qū)別。下面簡單說明下bioconda的使用：

# 首先需要安裝conda，我們下載minicoda，文件比較小，下載過程比較快
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

這樣在你的 $HOME目錄里面有一個miniconda，保存安裝的軟件使用，而且自動在環(huán)境變量配置文件 .bashrc添加新的變量設(shè)置。安裝之后可以自己檢查一下，是不是有新的不一樣的東西。你需要要重新登錄一下或者重新加載環(huán)境變量 source ~/.bashrc。因?yàn)榫W(wǎng)絡(luò)環(huán)境問題，最好修改一下安裝軟件源，可以使用清華anaconda開源鏡像源 https://mirror.tuna./help/anaconda/