近日收到的老師郵件，有相當(dāng)一部分是咨詢?nèi)绾螌?shù)據(jù)上傳NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)的。即便小美為老師提供了NCBI上傳流程的文件，但還是有部分老師持續(xù)反映諸如：

“發(fā)來的流程看著很簡(jiǎn)單啊，但為什么我上傳的時(shí)候老是報(bào)錯(cuò)??？”

“都過去好幾天了NCBI staff為啥還不給我SRP號(hào)呢？”等問題。

又再，又再，輾轉(zhuǎn)反側(cè)！

經(jīng)過與NCBI staff 多次溝通后，美吉精簡(jiǎn)并優(yōu)化了SRA上傳流程，不但無需單獨(dú)申請(qǐng)biosample和 bio-project，而且再也不用擔(dān)心沒有服務(wù)器、上傳慢的情況發(fā)生了。

如果說去年給大家?guī)淼呐可蟼魇莿?dòng)車組，那么今天小美這個(gè)小司機(jī)就帶大家坐次高鐵吧！

老規(guī)矩，先注冊(cè)一個(gè)“12306”的賬號(hào)（已有賬號(hào)的請(qǐng)?zhí)^，*號(hào)標(biāo)記必填，非*號(hào)標(biāo)記可不填，下同）：

然后找到NCBI-submit“高鐵入口”售票廳，注意不要進(jìn)錯(cuò)了，下面的普快，你懂得！

然后完成“實(shí)名制認(rèn)證”后就可以買票上車了：

終于上車了，拿著車票左顧右盼地找到自己的座位！屁股還沒坐熱，乘務(wù)員MM就來查票了：

除了身份、車次信息外，還需要核對(duì)是否需要“補(bǔ)票”（選擇新建bioproject和biosample）？ 當(dāng)然，我們最關(guān)心的還是什么時(shí)候“出站”（數(shù)據(jù)的釋放時(shí)間一般盡可能選擇文章發(fā)表之后，后續(xù)也可以根據(jù)實(shí)際需要進(jìn)行更改）！

一路顛簸之后，心中盤算著“此行的目的”（給你的實(shí)驗(yàn)取個(gè)名字并給出簡(jiǎn)要描述）：

昏昏沉沉小憩一陣過后，餓意來襲，打開包裹選擇自己“喜歡的食物”（Sample Type：選擇樣本類型，參考下圖選擇，切勿亂選導(dǎo)致自己攝入過期食物而“中毒 ”（報(bào)錯(cuò)）?。?/span>

那如果沒有帶吃的怎么辦？簡(jiǎn)單！到“餐車”查看售貨“清單”上都有啥？(下載下圖紅框標(biāo)識(shí)文件)：

選擇合乎口味的物品加入“購(gòu)物車”（tsv文件，可用EXCEL打開，每列表格都有固定格式，特別是organism列切記準(zhǔn)確填寫，如果爆出“Warn”信息，則需要等待2個(gè)工作日方能重新進(jìn)行該步驟，別問小美為什么知道，說多都是淚），然后“付款”（選擇文件上傳），當(dāng)然他們只收“RMB”（只支持tsv或者txt格式文件上傳）！

如果沒看懂，不要緊，打開鏈接：http://www.n cbi.nlm.nih.gov/biosample /docs/submission/faq/，喝瓶原裝Coca-Cola吧（說明書）！

下一步就是批量上傳的關(guān)鍵——SRA metadata

同樣的規(guī)格，不一樣的表格，看下面（填寫規(guī)則請(qǐng)查看下載的SRA_metadata表格文件sheet3中的Library and Platform Terms信息）：

乘客們注意啦！終點(diǎn)站即將到達(dá)，請(qǐng)收拾好您的 “行李”（上傳原始序列文件。偷偷的告訴你，美吉生物交付客戶的原始序列文件是可以直接用于上傳SRA數(shù)據(jù)庫(kù)的）準(zhǔn)備下車！

“行李”太多、太大帶不動(dòng)怎么辦（這里許多老師可能會(huì)遇到數(shù)據(jù)量大，上傳速度慢，用ftp中斷的情況），小編這里提供幾種托運(yùn)行李的工具供各位選擇：

如果您的樣本少，數(shù)據(jù)量小，您可以直接選擇現(xiàn)在通過網(wǎng)頁上傳。

這里用到NCBI推薦的aspera軟件，下載及用法見下圖：

將這些文件安裝到電腦后；運(yùn)行dos命令行窗口（怎么用看這個(gè)）：

試試效果咋樣

命令行：

ascp -i 之前下載key文件（帶上文件目錄） -QT -l100m（上傳最大速度） -k1 -d 數(shù)據(jù)存存放的目錄（目錄以“\”結(jié)尾）

subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/chun.luo@majorbio.com_KYyRWIub（郵箱_生成的隨機(jī)碼）/存放在NCBI服務(wù)器上的文件名稱（自定義）/

當(dāng)然100M您嫌慢，您可以往上調(diào)（反正3個(gè)樣本20秒上傳完畢小美已經(jīng)很滿足啦?。?/span>

如果您有服務(wù)器的情況下可在NCBI網(wǎng)頁aspera下載處找到linux版本，然后本地化到服務(wù)器上（不會(huì)？很簡(jiǎn)單，找度娘）！

同樣的方法在服務(wù)器里面就高大上了，有木有！

好啦！大家上傳完成后就到了“終點(diǎn)站”（選擇鏈接已上傳的數(shù)據(jù)文件夾）；

你看“到站”了，核實(shí)一下“車站信息”：

核實(shí)沒問題后，“下車”（點(diǎn)擊submit）不一會(huì)就到“目的地”（一般半個(gè)小時(shí)后即可看到上傳成功后的SRP號(hào)）啦！

不知道，小美司機(jī)這一路的引導(dǎo)，各位的路途是否順利？

還沒有上傳過原始數(shù)據(jù)的老師趕快試試吧！

最后祝大家在科研的道路上一帆風(fēng)順，萬里長(zhǎng)虹?。?！