崇禎元年，即公元1628年，魏忠賢一黨被滅，東林黨再次得到發(fā)展的機(jī)會(huì)。錢(qián)謙益重返京城，升任禮部侍郎。但是錢(qián)謙益并不滿足禮部侍郎位置，意欲爬上宰相的寶座。然而，錢(qián)謙益志比天高，命比紙薄，在宰相寶座爭(zhēng)奪中，不幸落馬。

錢(qián)謙益又一次的被逐出官場(chǎng)，攆回老家。不僅如此，錢(qián)謙益還遭他人誣告，于崇禎十年被打入刑部大牢。其時(shí)，李自成的大軍已經(jīng)攻破了北京城，崇禎皇帝在煤山上吊自殺，明朝就此滅亡，錢(qián)謙益乘亂逃出了北京。

明朝滅亡后，明朝的遺臣在南京建立了南明。錢(qián)謙益便和一批遺臣集中到南京，準(zhǔn)備擁立一位朱元璋的后代登基稱帝，重建明朝。當(dāng)時(shí)崇禎皇帝的三個(gè)兒子全都沒(méi)能跑出北京，能挑選的也只有藩王了。崇禎之前的天啟皇帝無(wú)子，再往前就只能找萬(wàn)歷皇帝的直系子孫了，可供選擇的有福王、桂王、惠王和瑞王。

后三個(gè)遠(yuǎn)在西南，路途遙遠(yuǎn)，只有跑到淮安的福王朱由崧離南京最近。但是以錢(qián)謙益為首的東林黨當(dāng)年在國(guó)本之爭(zhēng)中反對(duì)前任福王朱常洵立儲(chǔ)，擔(dān)心他的兒子秋后算賬，所以傾向于擁立同樣避禍淮安的潞王朱常澇。

于是，錢(qián)謙益派人前往淮安對(duì)潞王朱常澇致以誠(chéng)摯的慰問(wèn)，然后邀請(qǐng)他馬上到南京即位，做南明王朝的皇帝。潞王正要說(shuō)聲多謝，沒(méi)想到來(lái)人說(shuō)，如果您要做皇帝要先掏十五萬(wàn)兩銀子。結(jié)果潞王實(shí)在沒(méi)錢(qián)，買(mǎi)賣(mài)告吹。從這件事可以看出錢(qián)謙益作為文人的迂腐和短視，潞王一路南逃，能撿到小命已屬萬(wàn)幸，誰(shuí)還有空提著大量的銀子逃命呢？

其實(shí)，潞王如果即位成功，錢(qián)謙益和東林黨作為擁立功臣，高官厚祿自然不會(huì)少，到時(shí)別說(shuō)十五萬(wàn)兩，就是一百五十萬(wàn)兩也不在話下。錢(qián)謙益倒賣(mài)皇位這件事只能說(shuō)明經(jīng)過(guò)幾十年的宦海沉浮，錢(qián)謙益仍是個(gè)末流的政治家。

就在錢(qián)謙益派人前往淮安向潞王倒賣(mài)皇位的時(shí)候，當(dāng)時(shí)官居鳳陽(yáng)總督的馬士英則展開(kāi)更為神速的行動(dòng)，糾集了大批明朝遺臣擁立福王成功。崇禎十七年五月十五日，福王在南京登基稱帝，年號(hào)弘光。錢(qián)謙益見(jiàn)風(fēng)使舵，立即投靠了馬士英。

馬士英當(dāng)下加封他為禮部尚書(shū)兼翰林院學(xué)士加太子太保。如果當(dāng)時(shí)錢(qián)謙益不向潞王朱常澇伸手要十五萬(wàn)兩的銀子而直接擁立他為皇帝的話，那南明的首輔大臣只能是錢(qián)謙益，而不會(huì)是馬士英了！錢(qián)謙益弄巧成拙，反而失去位及人臣的大好機(jī)會(huì)。

當(dāng)然，要說(shuō)錢(qián)謙益全部失去了晚節(jié)，也確實(shí)是委屈了他。其實(shí)，錢(qián)謙益在清兵大舉南下、南京城破后便回到了家鄉(xiāng)常熟，一直在進(jìn)行秘密的抗清活動(dòng)。他大力資助和支持江陰志士黃毓祺、姚志卓抗清活動(dòng)。事情敗露后，清軍沖進(jìn)錢(qián)宅把錢(qián)謙益用鐵鏈系走，押往南京

。當(dāng)時(shí)其小妾柳如是正臥病在床，驚起后冒死從行。錢(qián)謙益被關(guān)進(jìn)南京大獄，柳如是“誓上書(shū)代死，否則從死”。后來(lái)經(jīng)過(guò)多方營(yíng)救，錢(qián)謙益終于獲救。經(jīng)過(guò)這次生死考驗(yàn)，柳如是不再被看作小妾，而直接被他稱為賢妻。

錢(qián)謙益從鬼門(mén)關(guān)上逃回來(lái)后，反清復(fù)明的念頭依然沒(méi)有斷絕。他的學(xué)生瞿式耜擁南明桂王輾轉(zhuǎn)南疆。錢(qián)謙益千方百計(jì)和他們?nèi)〉寐?lián)系，帶去密信，為之策劃。瞿式耜《報(bào)中興機(jī)會(huì)疏》中也有記載。后來(lái)桂林城破，瞿式耜慷慨赴死。錢(qián)謙益聞信后痛哭不已，不顧危險(xiǎn)寫(xiě)下了長(zhǎng)詩(shī)《哭稼軒留守相公一百十韻》，字字淚，句句血，是清詩(shī)中的“絕可傳”者。

最能反映錢(qián)謙益晚年抗清意志的莫過(guò)于他多次往返浙江金華一帶，游說(shuō)清將馬進(jìn)寶反清了。在清廷天下已定的雍正時(shí)期，湖南文人曾靜等跑到四川游說(shuō)岳鐘琪反清，事泄后這些勇敢地與虎謀皮的文人們最終一個(gè)都沒(méi)有幸免。在錢(qián)謙益的時(shí)代，正是滿漢矛盾最尖銳的時(shí)期，錢(qián)謙益竟然要游說(shuō)清將謀反，而且前后去了幾次，這需要多么大的勇氣！雖然是馬進(jìn)寶首鼠兩端，不能倚重，最后未能策反成功，但錢(qián)謙益畢竟還是全身而退。

不久，鄭成功率抗清大軍入長(zhǎng)江，攻南京，錢(qián)謙益積極為之策劃接應(yīng)。在形勢(shì)大好之時(shí)，他寫(xiě)了振奮人心的《金陵秋興》，大聲疾呼“長(zhǎng)干女唱平遼曲，萬(wàn)戶秋聲息搗砧”。然而最后功敗垂成，錢(qián)謙益又寫(xiě)下了凄涼傷悲的《后秋興》組詩(shī)，“荷鋤父老雙含淚，愁見(jiàn)橫江虎旅班”。在這期間，為了支援抗清，柳如是捐盡了自己的釵珥珠玉，錢(qián)謙益甚至想隨鄭成功入?？骨澹谴藭r(shí)的他白發(fā)皤然，年已八旬了！

這時(shí)候的錢(qián)謙益已與當(dāng)年那個(gè)貪生怕死、屈膝變節(jié)、投靠清軍的錢(qián)謙益判若兩人。他明知有殺頭的風(fēng)險(xiǎn)，依然奮力抗清，不僅多少安慰了自己的良心，也贏得了呂留良、黃宗羲等抗清志士的原諒，贏得了歷史的諒解。