宋室南渡以后，形成了南宋與金、元南北對峙的局面。當時道教內(nèi)部宗派紛起，在金元之際，北方先后出現(xiàn)了太一道、真大道、全真道等道派。
　　太一道為衛(wèi)州（今河南汲縣）人蕭抱珍（？—1166年）于金初創(chuàng)立。該派重符箓齋醮，規(guī)定道士必須出家，七傳以后逐漸與正一道相融合。
　　太一道創(chuàng)立于金熙宗天眷年間（1138—1140年）。始祖為蕭抱珍，他以“元氣渾淪、太極剖判、至理統(tǒng)一”為教旨，概稱其數(shù)為“太一教”。始祖蕭抱珍，衛(wèi)州人。他聲稱曾得仙人所賜秘箓，擅長祈禱訶禁法術(shù)，在鄉(xiāng)間郡里常以符箓、符水為百姓治病；用祈禱咒語驅(qū)除蝗災、求雨，利用這些濟世利民的手段，得到河北地區(qū)民眾的尊崇。他以傳授“太一三元法箓”為名，在河南濟縣建立了第一個庵堂，信奉者日眾，從此創(chuàng)立了太一教。金熙宗皇統(tǒng)八年（1148年）被召至京，為皇室治病，受到禮遇，賜改庵堂為“太一萬壽觀”，太一道從此顯赫。金大定二年（1162年）詔準入粟購買度牒，道士所居之處，沒有名額者，也可以輸買，因此蕭抱珍又建太清、迎祥兩觀，廣招信徒入教。太一教借皇家的寵遇，得以在北方地區(qū)迅速發(fā)展，使太一教初具規(guī)模。蕭抱珍卒于大定六年（1166年），賜號“太一一悟傳教真人”。太一教以“元氣混淪，太極剖判，至理統(tǒng)一”為教門宗旨，以“篤人倫，翊世教”為教門法則，是儒、道思想結(jié)合的體系。以老子“弱者道之用”為處世原則，以崇尚符箓為行世手段。信奉者需出家，尊守教門戒律；居住宮觀始稱庵，后改稱宮，墓稱塔。接受法嗣者必須先受秘箓法物，改姓始祖“蕭”姓，這是所有道教派別中僅有的一派。
　　太一道與當時興盛起來的真大道教、全真教一樣是以拯救民眾和社會為目標的重視實踐性的三教合一的道派。
　　真大道亦創(chuàng)立于金初，創(chuàng)始人為滄州樂陵人劉德仁（1120—1180年），號無憂子。自幼喜讀詩書。靖康之亂后，遷居鹽山。由于身歷北方社會的戰(zhàn)亂，頗受流離之苦，因而產(chǎn)生了強烈的憤世嫉俗的思想。同時又受儒家、佛教的影響，把掙脫苦海的希望寄托在宗教信仰上，于是他自稱遇一白發(fā)老翁（暗示老子），授以《道德經(jīng)要言》，以此言論為救世大道的理論基礎(chǔ)，對己可以修身，對人可以化度，在河北一帶民眾中廣為流傳。信徒漸漸增多后，便創(chuàng)立了大道教。劉德仁立教規(guī)九條：
　　（1） 視物猶己，勿萌戕害兇嗔之心；
　?。?） 忠于君，孝于親，誠于人，辭無綺語，口無惡聲；
　?。?） 除邪淫，守清靜；
　?。?） 遠勢力，安賤貧，力耕而食，量入為用；
　?。?） 毋事博奕，毋習盜竊；
　　（6） 毋飲酒茹葷，衣食取足，毋為驕盈；
　?。?） 虛心而弱志，和光而同塵；
　?。?） 毋恃強梁，謙尊而光；
　?。?） 知足不辱，知止不殆。
　　大道教居處始稱庵，后為宮觀，墓稱塔，與太一教同。大道教發(fā)展到第四祖毛希琮時改大道教為“真大道”，以區(qū)別以前之大道教。該派的特點是以清心寡欲、謙卑自守、力作而食為教旨，以無為保正性命，以無相驅(qū)役鬼神為教行。信教者須出家，遵守教戒。真大道教流行于河北燕京地區(qū)，所建宮觀甚多，如大都之天寶宮、玉虛宮；平谷之迎祥宮；房山之隆陽宮等，但現(xiàn)存無幾。該派以《道德經(jīng)》為教旨，不尚煉丹飛仙之事，而頗重默禱召劾為人治病，主張出家苦行。元以后，逐漸衰落并消失，或已合并于全真道。
　　全真道，是金代興起于北方三大新道派中最大的和最重要的派別，因始祖自題所居庵為全真堂而得名。該派創(chuàng)建于金大定（1161—1189年）年間，創(chuàng)立者王喆，生于宋徽宗政和二年（1112年），陜西咸陽大魏村人。原名中孚，字允卿，后改名世雄，字威德。入道后始改名為喆，字知明。因仰慕陶淵明之高風亮節(jié)，取號為重陽子。早年為儒生，兼習射騎。道書載，金正隆四年（1159年）曾于甘河遇仙人密付口訣，飲噀神水，自是斷絕俗念，悟道出家。于終南山筑墓穴名曰“活死人墓”，開始修道。金世宗大定七年（1167年），云游至山東寧海，遇馬鈺（道號丹陽子）、孫不二（號清靜散人）拜以為師，從此宣揚全真之道。后又收譚處端（號長真子）、劉處玄（號長生子）、丘處機（號長春子）、王處一（號玉陽子）、郝大通（號廣寧子）為弟子，并在文登、萊州、登州等地建立三教七寶會、三教三光會、三教玉華會、三教金蓮會、三教平等會。大定九年（1169年），與弟子馬玉陽、譚長真、劉長生、丘長春西歸，羽化于道中，葬于終南山劉蔣村，從此全真道尊為祖庭，金章宗賜庵名靈虛觀，后元太宗加封為重陽萬壽宮。元世祖至元六年（1269年）封王重陽為全真開化真君；元武宗至大三年（1310年）加封為重陽全真開化輔極帝君。王重陽著有傳道詩千余首，編于《重陽全真集》內(nèi)，又有《重陽教化集》、《重陽立教十五論》、《重陽分梨十化集》等。
　　該派主張三教合一，在修行方法上注重內(nèi)丹修煉，不尚符箓與黃白之術(shù)，規(guī)定道士必須出家住宮觀，不蓄妻子，持齋茹素，并制定了嚴格的清規(guī)戒律。全真教由一個有民族意識的宗教而興起，援儒攝佛，吸收二教思想，形成以道家思想為核心的三教合一的新道教派別。為了廣招信徒，把《道德經(jīng)》、《般若心經(jīng)》、《孝經(jīng)》列為信徒必讀經(jīng)典，教人“孝謹純一”，“正心誠意，少思寡欲”。注重在下層民眾中傳教，廣為結(jié)納中層士大夫階級，謀求上層達官貴族、皇家宗室的支持，因此教派基礎(chǔ)深厚，思想意識滲透到各個階層，影響深遠。
　　全真道的創(chuàng)始人王重陽傳有七徒，是為“全真七子”，他們都對北方全真道的傳播合發(fā)展作過重大貢獻。其中以丘處機最為突出。丘處機（1148—1227年），字通密，號長春子，山東登州棲霞人。19歲出家入道，次年于山東寧海全真堂拜王重陽為師。當丘處機嗣教時，正值金元之際。金興定三年（1219年），宋寧宗譴使召請，不應。元太祖聞其名，自乃蠻（今蒙古境內(nèi)）譴臣持詔召請，丘處機以71歲高齡率十八弟子，從萊州出發(fā)，跋涉萬里，歷盡艱辛，歷時兩年多到達西域大雪山與成吉思汗相會。“太祖時方西征，日事攻戰(zhàn)，處機每言，欲一天下者，必在乎不嗜殺人；及問為治之方，則對以敬天愛民為本；問長生久視之道，則告以清心寡欲為要”（見《元史·丘處機傳》）。太祖深契其言，禮遇甚隆，尊為神仙，命他掌管天下道教事，又受賜金虎符，許他便宜從事，并赦免全真道士的賦稅。這就為全真道的鼎盛奠定了基礎(chǔ)。丘處機于1224年返大都（今北京），住長春宮（今北京白云觀），此處成為全真道的活動中心。丘處機在此演教，立龍門之宗。在他的努力下，全真道的宮觀數(shù)量和道教徒人數(shù)都迅速擴充，全真道進入鼎盛時期。丘長春著作有《大丹直指》、《攝生消息論》、《潘溪集》等。
　　全真教之所以比太一教、大道教興盛、流傳長久，除了受到統(tǒng)治階級的青睞外，其中最主要的原因是教徒能恪守戒律，遵守規(guī)勸，注意自我的身心修養(yǎng)，得到民眾的尊崇。全真教徒注重教史的修撰，第一部著作是真常真人李志常的《長春真人西游記》，其次是全真子宋披云繼鑿龍山道教石窟，重刊《金藏》于平陽。秦志安撰《金蓮正宗記》，前收鐘、呂，后述七真，是一部全真早期的教史。其后他在修撰，《金蓮正宗記》、《煙霞錄》、《繹仙》、《婺仙》等有關(guān)全真教史料，保存了有價值的資料。特別值得一提的是李道謙，以儒士入道，終身未嘗廢書。歷任重陽宮主事，京兆道門提占，陜西五路西蜀四川道教提點。除自著《筠溪集》外，還著有《終南祖庭仙真內(nèi)傳》三卷、《七真年譜》一卷、《終南山記》三十卷、《甘水仙源錄》六卷，使全真教史大備，歷來為道教史家所重視。
　　自從全真道興起以后，道教便出現(xiàn)了“北宗”與“南宗”的分立。南宗即北宋張伯端所傳一派，主要活動于南宋時期。至元代中后期，在與南北二派均有師承關(guān)系的陳致虛（1289—？年）的努力下，紫陽一派亦歸于全真，被稱為“南宗”，王重陽一派，被稱為“北宗”。
　　與北方三大道派興起的同時，在南方除舊有的龍虎天師、茅山上清、閣皂靈寶等三山符箓諸派之外，這時自稱獨得異傳而別立宗派者甚多，主要有從天師道衍化而來的神霄派，由上清派衍化而來的清微派，由靈寶派分化而來的東華派和凈明道。
　　神霄派以傳習“神霄雷法”而得名，假托其道法出自元始天王之子神霄玉清真王。實際上該派創(chuàng)始人是北宋末江西南豐道士王文卿（1093—1153年）。他曾被宋徽宗召見，拜為太素大夫，凝神殿校籍，不久又拜金門羽客，升凝神殿侍宸，賜號“沖虛通妙先生”。王文卿退居鄉(xiāng)里后弟子甚多，得其傳者依次有新城高子羽、臨江徐次舉、金溪聶天錫等人。其后得其傳而最顯著者則為臨川譚悟真，據(jù)說“人不敢稱其名，但謂之譚五雷”。北宋時在朝的名道士也多習神霄雷法，如林靈素、張繼先、劉混康、徐守信、薩守堅、萬宗師等。宋元間傳神霄雷法的還有莫月鼎。神霄雷法還影響宋元間其它道派。例如張伯端所創(chuàng)金丹派南宗，從四祖陳楠開始兼?zhèn)魃裣隼追?，陳楠之徒白玉蟾撰有雷法著作多種。
　　清微派以傳習“清微雷法”而得名，假托其法出自清微天元始天尊。據(jù)《清微仙譜》稱，該派創(chuàng)始人為廣西永州人祖舒，南宋理宗時傳至九代南畢道。實際上清微派是從南畢道、黃舜申師徒傳授清微雷法開始興盛起來的。南畢道，（1196——？）四川眉山人，宋理宗時任廣西憲司。其幕僚黃某之子黃舜申得疾，南畢道治愈之，并悉以清微雷法受黃舜申。黃舜申（1224——？）遂成為清微派第十代祖師。寶佑中（1253——1258年），黃曾出任檢閱，以擅雷法聞名京師。宋理宗召見，賜號“雷囦真人”。元世祖至元丙戌（1286年），黃又應詔赴闕，未幾乞還鄉(xiāng)里，隱于紫霞湖滄州之上。元室賜號為“雷淵廣福普化真人”。黃舜申是清微道法的集大成者，門徒頗多。清微派的道法書現(xiàn)存主要有《清微齋法》、《清微元降大法》、《清微神烈秘法》等，另外《道法會元》中也保存有不少清微雷法著作。
　　 凈明道是南宋初年，西山道士何真公創(chuàng)立，是由靈寶派演化出來的一個分支。它尊奉許遜為祖師，稱其法箓出于許遜之傳。何真公所創(chuàng)之凈明道，除傳行一種稱為“凈明法”的符箓外，還重心性和內(nèi)丹的修煉，特別是在其教義中力主以忠孝為本。何真公后嗣無人，其所創(chuàng)的教派后來被玉真子劉玉新建的凈明道延續(xù)下來。劉玉（1257——1308年），字頤真，號玉真子。原籍鄱陽石門（今屬江西），后遷至南昌建康。弱冠而孤，志存方外。至元二十九年（1292年），劉玉聲稱凈明法師胡惠下降，告之“凈明大教將興，當出八百弟子，汝為之師”，并說元貞二年（1296年）臘月，許真君當降其家。于是，許多信徒投奔在劉玉門下。此后，劉玉便在西山一帶開展傳教活動，并陸續(xù)建立了一些壇、靖等宗教活動據(jù)點，使湮沒百年的凈明道再次興盛起來。劉玉新建的凈明道實際上是何真公凈明道的延續(xù)何發(fā)展。劉玉羽化前以教事傳付弟子黃元吉。黃元吉（1270——1324年），字希文，人稱中黃先生，豫章豐城（今屬江西）人。年十二，入西山玉隆萬壽宮為道士。后從劉玉，得旌陽許真君忠孝之教。為人剛介，治眾甚嚴。晚年以其教游說京師。泰定元年（1324年）十二月，羽化于京中崇真萬壽宮。其弟子著名的有陳天和、徐慧、劉真?zhèn)?、熊玄暉、劉思復、黃通理等。繼黃元吉掌教的凈明宗師為徐慧（1291——1350年），一名徐異，號丹扃道人。他編輯凈明道諸位祖師傳記、神降法語及劉玉、黃元吉語錄，著成《凈明忠孝全書》六卷。徐慧之后，凈明道傳承法嗣不明。元以后一說合并于正一道，一說歸于全真道。
　　東華派是從靈寶派分化出來的一個新道派，創(chuàng)始人是南宋初的寧全真。寧全真（1101——1181年），字本立，開封人。曾從田思真和仙人任子光受教，得東華、靈寶二派之傳，遂將二系教法合而為一。從此道業(yè)大進，以齋醮祈禱之術(shù)行化南方。紹興二十八年（1158年），金國南侵，高宗特旨召全真入殿廷，命奏章于天地，祈求國家平安。事畢，賜號“清微高士”，封“贊化先生”。以后國家每有齋醮之事，常命全真主典。晚年居浙江何淳真家，講授道法，所傳弟子甚多。寧全真所創(chuàng)的東華派，在上清、靈寶派傳統(tǒng)的存思神真的基礎(chǔ)上，吸收了內(nèi)丹丹法，重視行法者個人的內(nèi)煉工夫，把靜坐修煉視為徹視通神、齋醮煉度之本。東華派傳至元代林靈真時，又進入了一個興盛時期。林靈真（1239——1302年），原名偉夫，字君昭，溫州人。累舉不第，乃棄儒從道，舍宅為觀。從林虛一、薛熙真學東華道法。三十八代天師命其為溫州路玄學講師，不久升任本州道錄。主持溫州天清觀，受教弟子百余人，龍虎山天師道弟子董處謙和后任玄教大宗師的吳全節(jié)，皆曾受其學。
　　在元統(tǒng)一全國之后，天師道在北方得到迅速傳播，全真道在南方有較大發(fā)展。其他力量較為薄弱的各道派則逐漸與天師道或全真道相融合，符箓各派（如茅山宗、閣皂宗等）融入天師道（龍虎宗）之后，統(tǒng)稱為正一道，從而形成正一和全真兩大道派。經(jīng)元、明、清各代，流傳至今。
　　宗元之際，正一道與元朝皇室關(guān)系密切，因而在元代頗受尊崇，愈加興盛。據(jù)說早在滅南宗之先，元世祖便于1259年派密使?jié)撊臊埢⑸?，訪問35代天師張可大，向他不問統(tǒng)一天下之事。張可大回答說：“后二十年天下當混一。”南宗滅亡后，忽必烈乃于至元十三（1276）召見張可大之子，第36代天師張宗演，賜以玉芙蓉冠，組金無縫服，命他主領(lǐng)江南諸路道教，賜給銀印。次年又封張為真人，命于長春宮主持周天大醮。從此之后，元朝歷代師嗣位，皆沿例賜為真人，襲掌三山符箓及江南諸路道教，有權(quán)薦舉任免江南各地的道錄與宮觀提點，奏請新建宮觀名額及度牒，并可“自出牒度人為道士”。元代天師中最榮耀者為第38代天師張與材，他因劾治潮患有功，于成宗大德八年（1304）被封為“正一教主”，武宗即位后又授金紫光祿大夫，封留國公，賜給金印，秩視一品。第39代天師張嗣成，于泰定二年（1325）被封為“翊元崇德正一教主”并授集賢院知事，掌管天下道教事務。
　　元代正一道士中還出現(xiàn)了榮耀超過天師的張留孫、吳全節(jié)師徒。張留孫（1248——1321）原是張宗演弟子，至元十三年隨師入朝，對答稱旨，遂留侍闕下。元祖常向他詢問修身治國之道，又曾為皇太子、皇后請禱治病有驗，因而得到寵信，被封為上卿，賜給寶劍，并敕命兩京各建崇真宮，讓張留孫居之以掌祀事。至元二十五年（1278），又加封他為“玄教宗師、道教都提點、管領(lǐng)江北淮西荊襄道教事”，佩銀印。此后元世祖對張“寵遇日隆，比于親臣”。或命其出祠名山大川，或奉旨去江南訪求遺賢，又受命為武宗、仁宗取名，參與任命宰相的決策等等。后來元成宗、武宗、仁宗等朝，對張的寵信亦始終不衰，“朝廷有大謀議，必見咨問”。他被加封的頭銜愈來愈顯耀，官階也從三品進至一品。元成宗時被封為“玄教大宗師同知事集賢院道教事”，追贈三代魏國公。元武宗加封“大真人知集賢院大學士”。仁宗又加封為：“開府儀同三司、特進上卿、輔成贊化保運玄教大宗師、志道弘教沖玄仁靖大真人、知集賢院事、領(lǐng)諸路道教事?！逼浞馓栭L達43字，可謂顯赫無比。至治元年張留孫去世，又被元英宗封贈“真君”之號。其門下高徒有75人，其中封真人并分掌各地道教提點者7人，另有9人被命為宮觀提點。
　　張留孫大弟子吳全節(jié)（1240——1321），出身儒門，隨其師至大都。大德十一年（1370）被授為“玄教嗣師”。至治三年（1322）繼承師位，出任玄教大宗師，賜真號，總攝江淮荊襄等處道教。他掌教25年，好與儒士結(jié)交。曾于至順二年（1331）進陸九淵《語錄》于朝，使陸氏心學為元室所重視，又曾薦舉吳洽澄、閻復等儒臣。他去世后，夏文泳、張德隆、于有興等人相繼出掌玄教宗師。直至元朝滅亡后，明太祖只承認張?zhí)鞄熀笏?，而不承認玄教宗師，張留孫的玄教法嗣遂告終結(jié)。
　　正一道不出家，多從事符箓齋醮，祈福禳災；全真道主張“全神煉氣，出家修真”，建立了傳戒和叢林制度。