就通信方式討論：（以下不論ARM核\嵌入式\低端\高端均稱為單片機(jī)）

單片機(jī)間通信可用UART或SPI串口通信，UART適合速率不高，為了兼容低端單片機(jī)的場(chǎng)合。SPI比較通用，而且速率可高至單片機(jī)核心時(shí)鐘的1/4（但單片機(jī)IO速率低的要注意不能超過(guò)單片機(jī)IO速率）。高端單片機(jī)，如STM32F103系列，帶有DMA，可減輕CPU負(fù)擔(dān)。

單片機(jī)與PC通信，一般用串口或USB接口。串口或用MAX232芯片與PC串口相連，或用USB轉(zhuǎn)UART芯片(PL2302等)橋接。USB口需單片機(jī)帶USB接口模塊，或USB橋接芯片，或用軟件模擬（僅業(yè)余使用，商品或工業(yè)使用不推薦）。

就USB接口討論：

單片機(jī)所帶USB接口多為device接口，很少有host接口。單片機(jī)與PC相連，單片機(jī)一般做device角色。
STM32部分型號(hào)帶有USB接口。USB接口使用一般是先配置USB屬性，諸如設(shè)備類(lèi)別，VID（供應(yīng)商ID（特別說(shuō)明，需要向usb協(xié)會(huì)申請(qǐng)購(gòu)買(mǎi)）） PID（產(chǎn)品識(shí)別碼），顯示名稱，供電屬性等等信息。
配置好的USB，方可被計(jì)算機(jī)識(shí)別。
USB通信一般只能由PC向USB設(shè)備發(fā)起，有命令，批量讀取，批量寫(xiě)入等操作。一般情形是通過(guò)命令進(jìn)行簡(jiǎn)單的控制或確定寫(xiě)入或讀取地址，然后通過(guò)批量讀寫(xiě)傳輸數(shù)據(jù)。

一般USB設(shè)備開(kāi)發(fā)，都需要編寫(xiě)上位機(jī)驅(qū)動(dòng)。除非做成 USB HID 類(lèi)協(xié)議，因?yàn)椴僮飨到y(tǒng)一般是帶有HID驅(qū)動(dòng)的，但缺點(diǎn)很明顯，HID協(xié)議較復(fù)雜，且傳輸速率低。
上位機(jī)也要經(jīng)過(guò)枚舉設(shè)備，選擇設(shè)備，打開(kāi)設(shè)備等等一系列復(fù)雜操作。

區(qū)別：?jiǎn)纹瑱C(jī)間通信一般需自定協(xié)議，相對(duì)自由；單片機(jī)與上位機(jī)通信一般依靠現(xiàn)有協(xié)議，然后自定需要的功能協(xié)議。
單片機(jī)間通信機(jī)動(dòng)性高，可利用中斷等特性，非惡劣環(huán)境一般不需復(fù)雜控制可保證正常工作。
與上位機(jī)通信，一般受上位機(jī)等復(fù)雜環(huán)境影響，需考慮的方面比較多。

寫(xiě)到這才想起來(lái)。。樓主說(shuō)的單片機(jī)間通信是近距離通信還是遠(yuǎn)距離通信？。。。我按照在同一設(shè)備內(nèi)考慮的。若是較遠(yuǎn)距離，一般速率做不高，依靠485協(xié)議，或CAN協(xié)議等，甚至有的直接將通信放到局域網(wǎng)環(huán)境上。未見(jiàn)單片機(jī)間通過(guò)USB協(xié)議通信的，因?yàn)閁SB OTG實(shí)現(xiàn)很復(fù)雜。

兩臺(tái)機(jī)器采用USB接口通信的前提條件是，一方作為device，另一方作為host。

在兩個(gè)cortex-M3 MCU的情況下，兩方都只能作為device，那是無(wú)法通信的。如果要通信，最好其中一個(gè)MCU比較高級(jí)，具備usb host controller。

一方是MCU，一方是PC的情況下，MCU是device，PC作為host，可以通信。至于怎么通信，建議你自己搜一下網(wǎng)上資料。USB通信協(xié)議比較復(fù)雜，不是這里三言兩語(yǔ)可以解決的問(wèn)題。

具體到STM32，你可以看一下STM32提供的文檔，和示例源碼。

USB協(xié)議入門(mén)讀物：USB in a nutShell

一?？梢允褂猛饧覷SB芯片的方式，用單片機(jī)控制傳數(shù)據(jù)，類(lèi)似可用的芯片有CH372B等；
二。利用STM32有幾種芯片可以使用USB從模式，利用庫(kù)文件也容易驅(qū)動(dòng)起來(lái)；