第二，適用116號(hào)文時(shí)，投資企業(yè)取得的非股權(quán)支付額同樣需要按照59號(hào)文的規(guī)定在當(dāng)期立即納稅，同時(shí)投資企業(yè)取得被投資企業(yè)股權(quán)的計(jì)稅基礎(chǔ)應(yīng)用其投資的非貨幣資產(chǎn)的原有計(jì)稅基礎(chǔ)減去非股權(quán)支付，加上因非股權(quán)支付確認(rèn)的所得。這一點(diǎn)，116號(hào)文沒(méi)有說(shuō)，但是，這應(yīng)該是應(yīng)有之意。對(duì)于企業(yè)用非貨幣資產(chǎn)對(duì)外投資成立新企業(yè)沒(méi)有這個(gè)問(wèn)題。但是，如果企業(yè)用非貨幣資產(chǎn)注入現(xiàn)存企業(yè)就存在這個(gè)問(wèn)題。假設(shè)B企業(yè)將其一項(xiàng)非貨幣資產(chǎn)，賬面價(jià)值100萬(wàn)，公允價(jià)值200萬(wàn)投資到A企業(yè)。A企業(yè)支付的對(duì)價(jià)是公允價(jià)值為150萬(wàn)的股權(quán)和50萬(wàn)的現(xiàn)金。此時(shí)，B企業(yè)只有對(duì)于取得股權(quán)的部分，即投資行為可以遞延5年納稅，但是對(duì)于資產(chǎn)銷售直接取得現(xiàn)金的部分，當(dāng)期必須立即納稅，不能遞延。非股權(quán)支付部分的應(yīng)納稅額計(jì)算方式就用59號(hào)文的規(guī)定，即　非股權(quán)支付對(duì)應(yīng)的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失＝（被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價(jià)值－被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)）×（非股權(quán)支付金額÷被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價(jià)值）。即，此時(shí)B企業(yè)對(duì)于50萬(wàn)的現(xiàn)金部分，應(yīng)確認(rèn)25萬(wàn)所得，當(dāng)期一次性納稅。剩余的75萬(wàn)所得遞延5年納稅。同時(shí)，B企業(yè)取得A企業(yè)股權(quán)的計(jì)稅基礎(chǔ)為75萬(wàn)（100-50+25）。但是，A企業(yè)取得B企業(yè)非貨幣資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)，按照116號(hào)文的規(guī)定，應(yīng)按公允價(jià)值200萬(wàn)確認(rèn)。

第三，企業(yè)發(fā)生的資產(chǎn)收購(gòu)或股權(quán)收購(gòu)行為，如果同時(shí)符合59號(hào)文的特殊性稅務(wù)處理和116號(hào)文的特殊性稅務(wù)處理，應(yīng)該如何進(jìn)行選擇，這也是一個(gè)非常重要的問(wèn)題。我們以一個(gè)資產(chǎn)收購(gòu)的案例來(lái)看一下，假設(shè)A企業(yè)用其100%的實(shí)質(zhì)性經(jīng)營(yíng)資產(chǎn)（計(jì)稅基礎(chǔ)100萬(wàn)，公允價(jià)值200萬(wàn)），投資到企業(yè)B，取得的對(duì)價(jià)100%為B企業(yè)的股權(quán)。不考慮其他情況，這是一個(gè)既符合59號(hào)文特殊性稅務(wù)處理的資產(chǎn)收購(gòu)，也符合116號(hào)文特殊性稅務(wù)處理的非貨幣資產(chǎn)對(duì)外投資行為。如果適用59號(hào)文，A企業(yè)取得B企業(yè)股權(quán)的計(jì)稅基礎(chǔ)是100萬(wàn)，C企業(yè)取得B企業(yè)資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)也是100萬(wàn)。如果適用116號(hào)文的特殊性稅務(wù)處理，A企業(yè)可以將100萬(wàn)的評(píng)估增值分5年遞延納稅，每年確認(rèn)20萬(wàn)的所得。但是，B企業(yè)可以按公允價(jià)值200萬(wàn)確認(rèn)取得資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)。這里有個(gè)關(guān)鍵的差異需要大家關(guān)注。按照116號(hào)文，只要A企業(yè)對(duì)評(píng)估增值部分5年確認(rèn)納稅了，B企業(yè)就可以按公允價(jià)值確認(rèn)資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)。但是，在59號(hào)文的特殊性稅務(wù)處理下，即使A企業(yè)在取得B企業(yè)股權(quán)12個(gè)月后，將股權(quán)按公允價(jià)值出售，已經(jīng)將對(duì)外投資環(huán)節(jié)的評(píng)估增值在股權(quán)轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)確認(rèn)納稅了，但是，B企業(yè)取得A企業(yè)資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)仍然只能按原有計(jì)稅基礎(chǔ)確認(rèn)，而不能調(diào)整為公允價(jià)值。對(duì)比59號(hào)文和116號(hào)文的特殊性稅務(wù)處理，這里就展出了大家廣為質(zhì)疑的59號(hào)文針對(duì)資產(chǎn)收購(gòu)（股權(quán)收購(gòu)）特殊性稅務(wù)處理中可能存在的重復(fù)征稅的問(wèn)題。但是，59號(hào)文的規(guī)則本身并不錯(cuò)，因?yàn)檫@是由于我國(guó)企業(yè)所得稅制度的特點(diǎn)決定的。因?yàn)槲覈?guó)企業(yè)所得稅中對(duì)于清算環(huán)節(jié)企業(yè)股東取得的相當(dāng)于被投資企業(yè)累計(jì)未分配利潤(rùn)和累計(jì)盈余公積中按該股東所占股份比例計(jì)算的部分，會(huì)確認(rèn)為股息所得享受免稅待遇。因此，A企業(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)就評(píng)估增值確認(rèn)的所得會(huì)在股權(quán)受讓方在B企業(yè)清算環(huán)節(jié)確認(rèn)損失。因此，整體來(lái)看，國(guó)家并沒(méi)有重復(fù)征稅。明白了這個(gè)重要的差異，企業(yè)在選擇適用59號(hào)文和116號(hào)文時(shí)，就應(yīng)該根據(jù)投資和被投資企業(yè)的實(shí)際情況，做到心中有數(shù)了。

第四、關(guān)注非貨幣資產(chǎn)評(píng)估價(jià)值和雙方認(rèn)可價(jià)值不一致產(chǎn)生的稅收風(fēng)險(xiǎn)問(wèn)題。116號(hào)文規(guī)定，投資企業(yè)和被投資企業(yè)都是以被投資資產(chǎn)并按評(píng)估后的公允價(jià)值作為稅務(wù)處理的依據(jù)。但是，在實(shí)踐中，企業(yè)用非貨幣資產(chǎn)對(duì)外投時(shí)，非貨幣資產(chǎn)的評(píng)估價(jià)格和雙方確認(rèn)的作價(jià)投資金額之間不一致的情況。比如，A企業(yè)用其持有的C企業(yè)股權(quán)對(duì)B企業(yè)投資，C企業(yè)股權(quán)按照評(píng)估報(bào)告確認(rèn)的價(jià)值是1000萬(wàn)，但是A和B在參考評(píng)估報(bào)告后，綜合各方面因素，雙方協(xié)商后達(dá)成一致意見(jiàn)，A企業(yè)只能以該股權(quán)作價(jià)600萬(wàn)作為出資額對(duì)B企業(yè)投資（假設(shè)交易真實(shí)，不存在虛假交易或其他關(guān)聯(lián)交易情況）。此時(shí)，究竟雙方是按1000萬(wàn)還是600萬(wàn)進(jìn)行稅務(wù)處理呢？從116號(hào)為規(guī)定來(lái)看，毫無(wú)疑問(wèn)應(yīng)該是按1000萬(wàn)進(jìn)行稅務(wù)處理。但是，雙方在會(huì)計(jì)上都是按600萬(wàn)進(jìn)行會(huì)計(jì)核算并辦理增資手續(xù)的。由于稅法和工商實(shí)際增資行為以及會(huì)計(jì)處理都存在差異，雙方會(huì)存在一定的稅收風(fēng)險(xiǎn)。在實(shí)務(wù)中，企業(yè)如果要適用116號(hào)文的規(guī)定，還是盡量避免這種問(wèn)題的出現(xiàn)。