運(yùn)氣歷把一年平分為六季，每季60.875天（365.25÷6），稱為一個(gè)“之氣”，六氣即“風(fēng)火暑濕燥寒”，比四季春夏秋冬更詳細(xì)反映了地球上實(shí)際存在的氣候現(xiàn)象。從立春（2月4日）起算，初之氣由風(fēng)氣主之，二之氣熱氣主之，三之氣暑氣主之，四之氣濕氣主之，五之氣燥氣主之，終之氣寒氣主之。如此每年相同，依次輪替的六氣，稱之為“主氣”。正是張仲景在《傷寒例》中所講的“四時(shí)正氣為病”與節(jié)令相合，不引起傳染病，而是普通外感病的病因。
       運(yùn)氣學(xué)說(shuō)中著重討論另一種六氣周期，它們不按照自然季節(jié)的順序出現(xiàn)，而是如同定期到訪的客人，故稱為六“客氣”。客氣與主氣的時(shí)段重疊，稱為“加臨”，受主客加臨的影響，氣候有時(shí)會(huì)變得異常，不僅伴隨著自然災(zāi)害，往往還引發(fā)嚴(yán)重的瘟疫流行以及某種疾病的發(fā)病率和死亡率增高。仲景在《傷寒例》中稱為“時(shí)行之氣”：“凡時(shí)行者，春時(shí)應(yīng)暖，而反大寒；夏時(shí)應(yīng)熱，而反大涼；秋時(shí)應(yīng)涼，而反大熱；冬時(shí)應(yīng)寒，而反大溫。此非其時(shí)而有其氣，是以一歲（年）之中，長(zhǎng)幼病多相似者（傳染病老幼患者癥狀相同），此則時(shí)行之氣也”。這種與季節(jié)不相符的非時(shí)之氣 ，是導(dǎo)致氣候嚴(yán)重反常，傳染病流行的原因。因此，不懂得五運(yùn)六氣理論，就不懂《傷寒論》到底在說(shuō)什么。
        六客氣呈六年為一周期，每年由一組客氣表現(xiàn)最強(qiáng)，分別執(zhí)政上下半年，主管上半年的客氣稱為“司天”，主管下半年的客氣稱為“在泉”。顧名思義，天在“上”，最盛的時(shí)段在三之氣（6、7兩個(gè)月）；泉在“下”，最盛之時(shí)位于終之氣（12、1兩個(gè)月）。
       古人按照六客氣所占的陰陽(yáng)比例，把風(fēng)寒暑濕燥火分為三陰三陽(yáng)，并嚴(yán)格地固定了陰陽(yáng)的對(duì)應(yīng)關(guān)系：一陰為厥陰風(fēng)木，必對(duì)一陽(yáng)為少陽(yáng)相火；二陰為少陰君火，必對(duì)二陽(yáng)為陽(yáng)明燥金，三陰為太陰濕土，必對(duì)三陽(yáng)為太陽(yáng)寒水。對(duì)應(yīng)的雙方彼此互為上下，我們一旦知道在“上”的司天，必知其“下”的在泉，也就知道了司天和在泉的左右間氣。
       如《素問(wèn)·天元紀(jì)大論》所說(shuō)：“子午之歲（鼠馬之年），上（指司天）見少陰；丑未之歲，上見太陰；寅申之歲，上見少陽(yáng)；卯酉之歲，上見陽(yáng)明；辰戌之歲，上見太陽(yáng)；巳亥之歲，上見厥陰” 。這段話里的每個(gè)字人們都認(rèn)識(shí)，但是真正明白它意思又能用于臨床診治的中醫(yī)師卻鳳毛麟角，所以在臨床上造成很多誤治、濫治引起的壞病。就拿今春的感冒來(lái)說(shuō)，最多見的病因是氣候多寒涼引起的內(nèi)有郁熱而外感風(fēng)寒，本來(lái)用一個(gè)洋蔥加姜煮水服下，起到升陽(yáng)、解郁、散寒的作用，感冒就治好了。但是不少中醫(yī)沒(méi)有運(yùn)氣知識(shí)，一見到口干、咽痛、咳黃痰，就按春季溫?zé)岣忻皝?lái)上一付銀翹散。也不管患者還伴有惡寒、流清涕，結(jié)果幫助了外感的寒邪，使得郁熱更甚，或寒邪內(nèi)侵，導(dǎo)致病情加重遷延日久。現(xiàn)將2007年六氣的主客加臨列表如下，讀者可以從中知道今年（黃河流域的中原地區(qū)）氣候的總趨勢(shì)以及對(duì)人體的影響（《素問(wèn)·六元正紀(jì)大論》）。

2007年屬“亥”，“巳亥之歲，上見厥陰”，即農(nóng)歷豬年的司天是厥陰風(fēng)木，相當(dāng)于初春的氣候加臨在夏天，整個(gè)錯(cuò)后了半年，因此盛夏的少陽(yáng)相火就轉(zhuǎn)到在泉之位，加臨在寒冬（12、1月）。故全年氣候總體上是上半年偏寒涼而下半年偏熱，人體疾病以肝、脾、心、肺系統(tǒng)為主。異常氣候主要是冷春和暖冬，年底的非時(shí)之暖可引起冬瘟類的呼吸道傳染病流行。
       六氣呈周期性出現(xiàn)，對(duì)人體的影響自然呈周期性發(fā)病。六氣是一種不可見的能量，來(lái)自天體的運(yùn)動(dòng)周期，通過(guò)感應(yīng)經(jīng)絡(luò)之氣而作用于臟腑，所以古人為了表達(dá)臟腑與六氣的所屬關(guān)系，故以臟腑和六氣兩個(gè)部分命名經(jīng)絡(luò)。
       六氣與六經(jīng)的對(duì)應(yīng)關(guān)系如下表所示：