隆安二年（398年），太原王氏中居京口重鎮(zhèn)的王恭等起兵聲討司馬道子父子，但王恭的兵力仰賴于并非門閥士族的劉牢之，最終失敗被殺。這時(shí)桓玄封鎖長江，朝廷僅能控制東方 各郡即會稽、臨海、永嘉、東陽、新安、吳、吳興、義興八郡?！　‰S著東晉統(tǒng)治集團(tuán)內(nèi)部矛盾的日益加劇，各政治勢力之間已演變成自相殘殺。司馬元顯首先發(fā)難，進(jìn)攻割據(jù)長江中游的桓玄。桓玄列舉元顯父子的罪狀，起兵討伐元顯父子。他們順流東下，收買了北府兵將領(lǐng)劉牢之，攻入建康，殺死司馬元顯父子，掌握了朝廷大僅。隨后，桓玄又剪除了劉牢之，將東晉王室置于自己的掌控之下。

　　桓玄是桓溫之子。桓溫在世時(shí)，就有當(dāng)皇帝的野心，只是由于王、謝等士族的阻撓，才未能如愿?；感苍缇兔壬舜畚坏囊靶?。在設(shè)計(jì)除掉司馬道子父子之后，他認(rèn)為篡權(quán)的障礙已經(jīng)掃除，便在元興二年（403年）2月受封為大將軍，9月又自稱相國、封楚王、加九錫、領(lǐng)十郡。12月，桓玄逼晉安帝司馬德宗退位，廢安帝司馬德宗為平固王，安帝的弟弟司馬德文由瑯琊王降為石陽王。自己稱帝登基，國號楚。東晉朝是王謝庾桓四大家族勢力平衡下的產(chǎn)物，王謝庾三族相繼衰落，桓氏成為唯一的家族，狂妄自大的桓玄便輕而易舉的消滅了東晉朝。

　　桓玄稱帝后，驕奢淫逸，游獵無度，政局動(dòng)蕩。404年4月，北府兵將領(lǐng)劉裕等乘機(jī)起兵，殺入建康?；感謸醪蛔。銙冻职驳酆同樼鹜跷魈忧G州。劉裕追擊荊州，桓玄大敗，舍下安帝，繼續(xù)西逃。途中，被益州刺史毛璩的部下俘獲后殺死，時(shí)年38歲，謚號武悼皇帝。桓玄所建立的楚國，宣告滅亡，只存在4個(gè)月。

　　從桓玄興師入都到后來廢晉立楚，門閥士族贊同其消滅司馬道子父子勢力，但不敢公然反對其篡晉，反映門閥士族業(yè)已虛弱，喪失了左右政局的能力。真正有能力顛覆桓玄的，卻是并非士族高門出身的北府將劉裕。

　　桓玄死后，劉裕迎安帝重新回到建康，繼續(xù)做他的白癡皇帝。劉裕驅(qū)逐了桓玄，成為東晉門閥政治的一次回光返照。昔日在朝中舉足輕重的門閥士族，現(xiàn)在大都已無所作為。相應(yīng)地，東晉皇室由庶族劉?；謴?fù)以后，重建士族與司馬氏共治的門閥政治局面是再也不可能了。

　　不過，劉裕以庶族之身收拾殘局雖易，代晉建宋卻并非可以一蹴而就，而且需要相當(dāng)長的準(zhǔn)備和積累。