首先，《國稅函[2009]3號》文對《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》（以下簡稱《實施條例》）第三十四條所稱的“合理工資薪金”作了詳細的補充說明。著重強調(diào)了“企業(yè)按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關(guān)管理機構(gòu)制訂的工資薪金制度規(guī)定實際發(fā)放給員工的工資薪金”，方為“合理”。言外之意，企業(yè)申請扣除工資薪金時要能提供相關(guān)的內(nèi)部制度規(guī)定，如果企業(yè)事先沒有制定，筆者建議補充完善形成書面文件，以備存查；另外，值得關(guān)注的是《實施條例》及《國稅函[2009]3號》文對工資薪金扣除都強調(diào)實際發(fā)放，實務(wù)中企業(yè)通常2008年12月及年終獎先是通過計提的方式先計入2008年度的成本費用，而實際發(fā)放一般都要到2009年的年初，對于企業(yè)此部分工資薪金是否可在2008年度匯算清繳時進行扣除，目前政策不明。是否可以放寬到只要在2008年度匯繳申報結(jié)束日（2009年5月31日）前發(fā)放完畢即可呢？皆有待總局明確。

　　其次，《國稅函[2009]3號》文對各地稅務(wù)機關(guān)如何認(rèn)定企業(yè)工資薪金的合理性，給出了五項指導(dǎo)性原則，具體操作由各地稅務(wù)機關(guān)根據(jù)當(dāng)?shù)氐纳鐣c經(jīng)濟發(fā)展水平及不同企業(yè)的情況區(qū)別把握、合理裁量。此舉與以前年度全國統(tǒng)一扣除標(biāo)準(zhǔn)相比，增加了基層稅務(wù)干部的執(zhí)法難度，筆者認(rèn)為部分地方稅務(wù)機關(guān)可能會就此制定具體的實施辦法，尤其是所在地區(qū)的不同行業(yè)的平均工資薪金應(yīng)該有個相對統(tǒng)一的參照標(biāo)準(zhǔn)。

　　再次，《國稅函[2009]3號》文明確了《實施條例》第四十、四十一、四十二條所稱的“工資薪金總額”的范圍僅指工資薪金，與新企業(yè)會計準(zhǔn)則所規(guī)范的“職工薪酬”范圍明顯不同，以避免概念混淆。非常值得一提的是，《國稅函[2009]3號》文要求屬于國有性質(zhì)的企業(yè)：“其工資薪金，不得超過政府有關(guān)部門給予的限定數(shù)額；超過部分，不得計入企業(yè)工資薪金總額，也不得在計算企業(yè)應(yīng)納稅所得額時扣除。”?即對于國有性質(zhì)的企業(yè)工資薪金扣除不得超越其主管部門設(shè)定的績效考核上限。

　　最后，《國稅函[2009]3號》文明確了職工福利費的扣除范圍，筆者認(rèn)為這是值得多數(shù)從事涉稅工作的同仁高度重視的條款，因為此前國家稅務(wù)總局出臺的稅收管理政策文件中從未就職工福利費的扣除作過如此詳細、全面的規(guī)定，這有利于稅務(wù)機關(guān)與企業(yè)所得稅納稅人正確開展匯算清繳工作。筆者注意到，該文所規(guī)定的職工福利費包括的范圍，與我們通常所言所聞“企業(yè)職工福利”相比大大縮小，如我們大家熟悉的企業(yè)發(fā)給員工的“年貨”、“過節(jié)費”、節(jié)假日物資及組織員工旅游支出等都不在此列。據(jù)悉，多數(shù)企業(yè)會計同仁對于企業(yè)發(fā)生的類似“非貨幣性福利”支出通常在“職工福利費”中核算；此外企業(yè)按照規(guī)定發(fā)放的供暖費補貼、職工防暑降溫費通常直接計入成本費用科目，而不通過“”職工福利費“核算，這都產(chǎn)生了會計與稅法差異，2008年度匯算清繳時要注意計算調(diào)整。

　　《國稅函[2009]3號》文的出臺對企業(yè)所得稅納稅人計算工資薪金及職工福利費扣除不啻于一場及時雨，但筆者覺得對于職工福利費的扣除問題除《國稅函[2009]3號》文所列之外，還有些問題尚待總局日后進一步明確。例如：已經(jīng)實行分離辦社會職能的企業(yè)，不再設(shè)置職工食堂、職工浴室、理發(fā)室、醫(yī)務(wù)所、托兒所、療養(yǎng)院等福利部門，其發(fā)生的員工房租費用、工作餐費、搭伙費、療養(yǎng)費用等福利支出是否可比照尚未實行分離辦社會職能的企業(yè)進行扣除呢？職工困難補貼、職工食堂經(jīng)費補貼、職工交通補貼等發(fā)放標(biāo)準(zhǔn)如何確定？