由于揚州城墻高峻，清軍的攻城大炮還沒有運到，多鐸并沒有下令立即進攻，他先后五次派人招降史可法，都遭到了嚴詞拒絕。史可法當(dāng)眾將多鐸的信投入護城河中。他已經(jīng)迅速地變成那個艱難時期的英雄人物，“從來降將無伸膝之日，逃兵無回頸之時”。史可法將與揚州共存亡，用《桃花扇》中的話來說：

　　不怕煙塵四面生，

　　江頭尚有亞夫營，

　　模糊老眼深更淚，

　　賺出淮南十萬兵。

但史可法的“深更淚”已經(jīng)無法保住揚州，揚州城已經(jīng)是危急萬分。雖然史可法死志已決，但城中還是有不少人害怕了?？偙顥P和監(jiān)軍高歧鳳帶著本部人馬，出城向清軍投降。史可法說：“此吾死所也，公等何為，如欲富貴，請各自便。”竟然以倘若阻止他們出城投降恐生內(nèi)變?yōu)槔碛?，聽之任之，不加禁止。只是這一來，城里的守衛(wèi)力量就更薄弱了。

四月二十四日夜間，清軍用紅衣大炮轟塌城墻，“城上鼎沸，勢遂不支”。二十五日，史可法正在指揮軍民堵缺口，大批清軍已經(jīng)蜂擁著沖進城來。史可法眼看城已經(jīng)沒法再守，拔出佩刀往自己脖子上抹。隨從的將領(lǐng)們搶上前去抱住史可法，把他手里的刀奪了下來。史可法還不愿走，部將們連拉帶勸地把他保護出小東門。

這時候，有一批清兵過來，看見史可法穿的明朝官員的裝束，就吆喝著問他是誰。史可法怕傷害別人，就高聲說：“我就是史督師，你們快殺我吧！”

于是揚州在傾盆大雨中陷落，史可法被害，時年僅四十四歲。揚州知府任民育等文武官皆殉難死。

在流血漂櫓的揚州城頭，尸山血海中面對著劈來的鋼刀依然怒罵不止的史可法，在他生命的最后一刻，腦海里閃過的會是什么念頭？

是亡國滅族的無邊絕望，還是回首前塵的深深懊悔？

揚州是江南頑強抵抗清軍的第一座城，也是清軍入關(guān)以來首次遇到的軍民一體的堅強抵抗。為了對揚州人民進行報復(fù)，也是滿清想殺一儆百，于是多鐸下令，燒殺搶掠持續(xù)十天。歷史上把這件慘案稱作“揚州十日”。

揚州居民除少數(shù)破城前逃出和個別在清軍入城后隱蔽較深幸免于難者以外，幾乎全部慘遭屠殺，“城中積尸如亂麻”。王秀楚依據(jù)親身經(jīng)歷寫了一本《揚州十日記》，對清軍自四月二十五日至五月初一日在揚州的暴行作了比較詳細的記載，如二十七日，“殺聲遍至，刀環(huán)響處，愴呼亂起，齊聲乞命者或數(shù)十人或百余人；遇一卒至，南人不論多寡，皆垂首匐伏，引頸受刃，無一敢逃者。至于紛紛子女，百口交啼，哀鳴動地，更無論矣。日向午，殺掠愈甚，積尸愈多，耳所難聞，目不忍睹”。直到五月初二日才安官置吏，“查焚尸簿載其數(shù)，前后約計八十萬余”。

清軍開展大屠殺后，揚州頓成地獄。比地獄更難忘的場景是那些百姓引頸受戮的場面。史載：只要遇見一個清兵，“南人不論多寡，皆垂首匍伏，引頸受刀，無一敢逃者”。一個清兵遇見近五十名青壯男子，橫刀一呼：“蠻子來！蠻子來！”這些人立即戰(zhàn)戰(zhàn)兢兢，無一敢動。然后這個清兵押著這些人去殺人場，無一人敢反抗不說，甚至沒一人敢跑。到刑場后，清兵喝令：“跪！”呼啦啦全部跪倒，任其屠殺。相同的情形發(fā)生在三百年后的南京，一個師的國民黨部隊遇見十六個日本人的小隊，就乖乖投降了。幾百個日本兵押著幾萬名國民黨軍俘虜去燕子磯屠殺，這些俘虜連逃跑的勇氣都沒有。

揚州變成了屠場，血腥惡臭彌漫，到處是肢體殘缺的尸首，一切社會準(zhǔn)則都不復(fù)存在了。二十四橋明月地，盡成煙燼。若是史可法看到這些，他一定會后悔沒有投降，而給他的百姓們帶來這么大的災(zāi)難。

揚州城中那些因美麗而聞名的女子，愿意把她們的身體獻給清兵而換取生命。有的女人在滿城的哀號慘叫中精心梳妝打扮，然后倚門而笑，向清兵獻媚。一個清兵士卒說：“我輩征高麗，擄婦女?dāng)?shù)萬人，無一失節(jié)者。何堂堂中國，無恥至此？”清軍挑選出年齡在十四到三十歲之間的婦女，然后將她們帶走。很多年后，直到康熙年間，還有人在寧古塔（黑龍江）或蒙古附近看見過這些年紀已大、飽受欺辱的婦女，她們操揚州口音，身穿著獸皮，永遠無法返回家鄉(xiāng)。

史可法的養(yǎng)子史德威被清兵抓住，正要殺他時，史德威大喊說：“我是史可法的兒子！”多鐸于是命前面殺死高杰的許定國審問史德威。

這時候清兵發(fā)現(xiàn)了史可法生前寫給豫親王多鐸的信，信中寫道：“敗軍之將，不可言勇；負國之臣，不可言忠。身死封疆，實有余恨。得以骸骨歸葬鐘山之側(cè)，求太祖高皇帝鑒此心，于愿足矣。宏光元年四月十九日，大明罪臣史可法書。”（清·戴名世《乙酉揚州城守紀略》）

多鐸看了信后非常感慨，下令放了史德威，好讓他去給史可法收尸。多鐸還讓人在已經(jīng)破落不堪的揚州城內(nèi)建祠，以紀念史可法的在天之靈；并優(yōu)恤其家眷，以示異數(shù)。

大屠殺之后，史德威進城尋找史可法的遺體。由于當(dāng)時天氣較熱，尸體已經(jīng)腐爛，無法辨認。史德威只好把史可法生前穿過的袍子和用過的笏板，埋葬在揚州城外的梅花嶺上。這就是到現(xiàn)在還保存的史可法“衣冠墓”。乾隆四十一年（1776年）正月追謚“忠正”。因此牌坊上題額為“史忠正公墓”。

順治十年（1653），史學(xué)家談遷路過揚州，曾經(jīng)專程到梅花嶺尋謁史可法衣冠冡，梅花如雪，芳香不染，回首往事，不勝感慨，寫道：“江都地多陵阜，故名廣陵，城堅濠廣，四野曼延，正利步騎，雄聞晉唐，今西門摧頹，豈史氏尚不逮李庭芝耶？”于惋惜之中也指斥了史可法的無能。復(fù)社四公子之一的侯方域有一首三十五韻的五古長詩——《哀詞·少師建極殿大學(xué)士兵部尚書開府都督淮陽諸軍事史公可法》，主要是記錄史可法的生平事跡。侯方域認為史可法用兵不如諸葛亮，而死節(jié)則可擬為文天祥。

無論史可法的才能如何受到后世質(zhì)疑，史可法死后，立即在南明士紳中被視為抗清復(fù)明的英雄備受敬仰。后來他也受到了乾隆皇帝的大力推崇，被認為是僅次于文天祥的民族英雄。

洪承疇被滿清派到南京任招撫江南大學(xué)士時，有人在烏龍?zhí)秾懥艘桓睂β?lián)：“史冊流芳，雖未滅奴猶可法；洪恩浩蕩，未能報國反成仇。”（談遷《棗林雜俎》）對聯(lián)中巧妙地鑲嵌了史可法和洪承疇二人的名字（“成仇”為“承疇”的諧音）。

1648年（順治五年）正月下旬，宣城人朱國材冒充史可法號召反清復(fù)明，巢縣生員祖謙培、無為州生員沈士簡等十余人聽說后，都“頭巾藍衫”前往謁見，共圖義舉，后來遭到滿清政府的無情鎮(zhèn)壓。

“偽史閣部案”起時，滿清立即派人逮捕了史可法的家眷，包括史可法的母親、妻子以及弟妹等人。一個投降滿清的鎮(zhèn)將心中也佩服史可法的忠義，便出面說：“過去在攻打揚州的時候，我是前鋒，史公其實死在我手上。賊人不過是假托史公之名，如果反而因此懷疑史公的母妻，反倒給冒名頂替之人有口實了。”（清·戴名世《乙酉揚州城守紀略》）滿清這才釋放了史可法的家眷。

但這次偶然的事件卻引伸出另外一件不小的麻煩，滿清的一位王公看上了史可法弟弟史可模的遺孀李夫人，想要娶這位美貌的寡婦，并派了一個使者把聘禮送到了史家。史可法的母親茫然不知如何應(yīng)對，但李夫人卻一口答應(yīng)了下來。她從來人帶來的禮物中拿了一個金盒走進里屋。過了一會兒，家中的女仆哭著出來說，李夫人有回禮給使者，請?zhí)嫠兄x這位滿清王公。使者打開金盒一看，里面擺著李夫人自己割下來的鼻子和耳朵。　　無論如何，“偽史閣部案”說明史可法在南明紳民中享有相當(dāng)高的聲望，事隔三年，竟然還有如此號召力。