鍾南山表示，中醫(yī)有幾千年的悠久歷史，并且老百姓愿意接受，必然有非常精華的東西。現(xiàn)在中醫(yī)是需要更多保護(hù)，但不能再過五十年還是講「保護(hù)」。瀕危的東西才要保護(hù)，中醫(yī)不應(yīng)該是瀕危的。

他認(rèn)為，這四、五十年來，中醫(yī)的發(fā)展并不是很好，因為它的研究方法沒有更新，還停留在經(jīng)驗醫(yī)學(xué)階段。老中醫(yī)因為很有經(jīng)驗，所以會有很多人找他看病，但他在循證醫(yī)學(xué)方面也許做得并不好。

據(jù)悉，循證醫(yī)學(xué)（evidence-based medicine, EBM）的思想起源于19世紀(jì)中葉，其核心思想是醫(yī)療決策應(yīng)建基于臨床研究的實證基礎(chǔ)之上。鍾南山認(rèn)為，中醫(yī)應(yīng)更多地采用現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的觀點，對中藥應(yīng)盡可能找出其有效成分，提取出來，對攻破一些病癥會有幫助。

鍾南山覺得，中醫(yī)的哲學(xué)思想跟西醫(yī)不太一樣，不要勉強(qiáng)中西醫(yī)結(jié)合，讓它們各自發(fā)展。兩者各有各的特長，應(yīng)該是各自發(fā)展，共同進(jìn)步，取長補短。

中醫(yī)研究的方式要進(jìn)一步改進(jìn)，不要還是停留在經(jīng)驗醫(yī)學(xué)，要采用現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的觀點。中醫(yī)界現(xiàn)時有人認(rèn)為用西醫(yī)的方法研究中醫(yī)就是破壞了中醫(yī)的傳統(tǒng)，他不完全同意這個看法。